Studium přírodních věd se uskutečňovalo na Karlově univerzitě po celá staletí na Filosofické fakultě (již zde nalézáme příbuznost obou věd), teprve v roce 1920 vznikla jako pátá fakulta University Karlovy fakulta Přírodovědecká. Její náplní byla a stále je příprava mladých odborníků v chemických, biologických, geologických a geografických oborech. Starší historie katedry sahá do dob těsně po konci první světové války. V této době byl biologem, historikem vědy a filosofem Emanuelem Rádlem založen "filosofický seminář" jako součást mladé Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy. V roce 1950 však byla katedra z politických důvodů zrušena. Obnovení činnosti katedry v roce 1958 však nevydrželo dlouho; v přelomovém roce 1968 byla katedra znovu zrušena a zaměstnanci propuštěni nebo "převedeni" na jiná pracoviště.

Katedra filosofie a dějin přírodních věd PřF UK byla založena 1. října 1990, tedy brzy po "sametové" revoluci v roce 1989. Katedra vznikla podle návrhu prof. Zdeňka Neubauera postupně během jara a léta 1990 jako součást tehdejšího rektorátního Institutu základů vzdělanosti, který měl své pobočky na většině fakult. Novodobá historie katedry tedy běží od roku 1990, kdy bylo toto pracoviště, prakticky jediné z celé řady "sesterských" kateder na ostatních fakultách, v plném rozsahu i původní intenci obnoveno, zejména proto, že svou myšlenkovou orientací bezprostředně navazuje na zaměření fakulty.

Katedra filosofie a dějin přírodních věd poskytuje hlavně výuku veškerých filosofických předmětů magisterského studia přírodovědných oborů; součástí studijních programů katedry je