Statistické chyby
• Chyba výběru (konečné množství dat)
Bias
• Různé zastoupení bazí nebo aminokyselin
• Přitahování dlouhých větví (LBA) 
Chyba výběru je způsobena tím, že máme k dispozici omezené množství dat, na jejichž základě rozhodujeme mezi hypotézami (stromy). Dá se kvantifikovat (bootstraping) a snížit zvýšením počtu dat.
Bias vnáší do analýzy chybu jedním směrem (positively missleading). Chybná topologie může mít velkou statistickou podporu a se zvyšováním počtu dat bias nemizí.