LBA
je nejspíš zodpovědný za
tvar 18S rRNA stromu
Dlouhé větve u kořene stromu jsou podezřelé.
Problém: Jak rozlišit dlouhé větve vzniklé díky vyšší mutační rychlosti od těch, co vznikly dlouhou samostatnou evolucí (oddělili se dávno).
Východisko:
sledovat poměr
unikátních ku společným znakům
sledovat poměr
unikátních ku společným znakům
Po objevení LBA začala být
podezřelá
přítomnost dlouhých eukaryotických větví u kořene stromu. Netýká se to pouze
18S rRNA.
Dlouhé větve mohly vzniknout buďto díky velká mutační rychlost (rychlé větve) nebo díky tomu, že dotyčná linie se oddělila před dlouhou dobou a má za sebou dlouhou samostatnou existenci (přirozené dlouhé větve). Pokud by u kořene byly dlouhé větve prvního typu je to podezřelé. U druhého typu je to však přirozené. Jak je rozlišit? Když srovnáme sekvence dlouhých větví se sekvencemi outgroupů. Přirozené dlouhé větve by měly mít stejný poměr unikátních znaků a znaků společných s outgroupy jako ostatní větve stromu. Rychlé větve mají větší množství unikátních znaků. To bylo nalezeno u diplomonád, trichomonád u RNA pol II. U 18S rRNA je počet unikátní substituce mikrosporidií, diplomonád a entamoeby vyšší než u prokaryot. Takže pravděpodobně LBA. Mikrosporidie jsou houby. Foraminifera se objevují v geologickém záznamu později než by měly, když by byly mezi prvními liniemi, jako na stromu pro 18S rRNA.
Dlouhé větve mohly vzniknout buďto díky velká mutační rychlost (rychlé větve) nebo díky tomu, že dotyčná linie se oddělila před dlouhou dobou a má za sebou dlouhou samostatnou existenci (přirozené dlouhé větve). Pokud by u kořene byly dlouhé větve prvního typu je to podezřelé. U druhého typu je to však přirozené. Jak je rozlišit? Když srovnáme sekvence dlouhých větví se sekvencemi outgroupů. Přirozené dlouhé větve by měly mít stejný poměr unikátních znaků a znaků společných s outgroupy jako ostatní větve stromu. Rychlé větve mají větší množství unikátních znaků. To bylo nalezeno u diplomonád, trichomonád u RNA pol II. U 18S rRNA je počet unikátní substituce mikrosporidií, diplomonád a entamoeby vyšší než u prokaryot. Takže pravděpodobně LBA. Mikrosporidie jsou houby. Foraminifera se objevují v geologickém záznamu později než by měly, když by byly mezi prvními liniemi, jako na stromu pro 18S rRNA.
