Použití velkého množství znaků (konkatenace mnoha genů) pomůže minimalizovat chybu
výběru.
Je
nezbytně nutné chránit se před všemi známými bias a dávat pozor na HGT:
– používání co
nejrealističtějších evolučních modelů
– vyloučení
podezřelých sekvencí
– vyloučení
genů podezřelých z HGT