Ale
•Výskyt řídkých evolučních událostí je nutné posuzovat v kontextu s fylogenetickými stromy
•Je třeba nasbírat informací o výskytu těchto znaků u co největšího počtu taxonů
Jinak může dojít k „velkým objevům“
•Trichomonády jako první větev eukaryot podle enolázy
•Kořen života  podle HSP70
Tyto znaky jsou také náchylné na HGT. Společný Indel v enoláze u rostlin a alveolatů. Rekombinace uvnitř genu.