Maximum likelihood
DATA
Taxon 1    ACCTGGATGC...
Taxon 2    ACTTGAATGC...
Taxon 3    ACTTGGATGG...
Taxon 4    ACTTCAAGGG...
HYPOTÉZA
Evoluční model:
relativní pravděpodobnosti substitucí
zastoupení bazí v sekvenci různá mutační rychlost v různých částech molekuly a na různých větvích ...
Topologie
ML je obecná statistická metoda. Princip je najít takovou hypotézu, která nejlépe vysvětlí pozorovaná data (data mají nejvyšší pravděpodobnost). V našem případě data představují sekvence a hypotéza se skládá z konkrétní topologie a konkrétního modelu. Evoluční model obsahuje například předpokladané relativní rychlosti…
Když to mírně zjednodušíme, tak si můžeme metodu maximum likelihood představit jako parsimonii skombinovanou s evolučním modelem.