Programy pro molekulární fylogenetiku

V rámci molekulárně fylogenetických projektů jsme byli opakovaně okolnostmi donuceni zasednout k počítači a vytvořit si vlastní programy pro analýzu získaných dat. Za nejdůležitější a obecně využitelné výsledky této aktivity považujeme dva programy: FreeTree a Treept.

FreeTree

Jedná se o program pro konstrukci fylogenetických stromů metodami neighbor-joining a UPGMA na podkladě znakovách dat získávaných například metodami RFLP a RAPD. Na rozdíl od všech jiných v současnosti dostupných programů FreeTree provádí zároveň boottstrap a Jakknife analýzu získaných topologických stromů; to znamená, umožňuje posoudit věrohodnost získaných výsledků. Program umožňuje zpracovávat velké datové soubory a pracuje pod operačním systémem Windows. Je volně k dispozici zde:

www.natur.cuni.cz/flegr/programs/freetree

Publikováno:

Články:

• Pavlíček A., Hrdá . Š., Flegr J. (1999) FreeTree - freeware program for construction of phylogenetic trees on the basis of distance data and for bootstrap/jackknife analysis of the trees robustness. Application in the RAPD analysis of genus Frenkelia. Folia Biologica (Praha) 45, 97-99. [Full text]
• Hampl V.,Pavlíček A., and Flegr J. (2001) Construction and bootstrap analysis of DNA fingerprinting-based phylogenetic trees with the freeware program FreeTree: application to trichomonad parasites. Int J Syst Evol Microbiol 2001 51: 731-735.[Abstract] [Full text PDF]

Konference:

• Hampl V.,Pavlíček A., and Flegr J. (2000) Construction and bootstrap analysis of DNA fingerprinting-based phylogenetic trees of trichomonads using FreeTree - the freeware program. 13th meeting of Society for Evolutionary Protistology. [Poster GIF]
  

Treept

Program pro zjišťování existence konkordance (a určování míry její statistické významnosti) mezi přítomnosti (nebo hodnotou) určitého znaku u jednotlivých druhů organismů a jejich vzájemno fylogenetickou příbuzností. Program například umožňuje otestovat hypotézu, že vzájemně příbuzné kmeny parasitického prvoka vykazují podobnou míru rezistence vůči určitému léčivu. Program pracuje na principu permutačního testu, jako vstupní data mu požaduje zadání topologie příslušného fylogenetického stromu a rozložení studovaného znaku v rámci jeho větví. Program lze využít i pro permutační testy analogické t-testu, ANOVA testu, a jednoduchému korelačnímu testu. Je volně k dispozici zde:

www.karlin.mff.cuni.cz/~zaboj/treept

Publikováno:

Články:

• Flegr J., Záboj P. and Vaňáčová Š.: (1998) Correlation between aerobic and anaerobic resistance to metronidazole in trichomonads: Application of a new computer program for permutation tests. Parasitology Research, 84, 590-592. [Full text]
• Flegr,J. and Záboj, P. (1997) PTPT, the freeware program for permutation testing concordance between phylogeny and the distribution of phenetic traits. Acta Soc. Zool. Bohem. 61: 91-95. [Full text]