2/0 ZK, letní semestr, vypisována a zkoušena každý rok, ale přednáší se jen jednou za dva roky (bude jaro 2008 prednáška od 16.5. 13:30 do 17.5. 17:00, cvicení 18.-19.5. hodina bude dohodnuta)
Účel kurzu: Seznámit posluchače se základními metodami a technikami molekulární fylogenetiky a s využitím molekulárně biologických dat v systematice a navazujících biologických oborech.
Na přednášku těsně navazují praktická cvičení viz. www stránka cvičení
Stručný obsah kurzu: Specifika molekulárně biologických dat, jejich výhody a nevýhody. Získávání molekulárně biologických dat pro účely systematiky (sekvenování, RFLP, RAPD, AFLP, alozymy, mikrosatelity, SSCP, reasociační analýza, imunologické metody, proteinový fingerprinting). Zpracovávání získaných dat - fenetické a kladistické přístupy, distanční a znaková data, metody výpočtu distancí na základě různých typů znakových dat, konstrukce dendrogramů, UPGMA, NJ, ML, ME, porovnávání dvou dendrogramů, testování spolehlivosti jednotlivých větví dendrogramů (jackknifing, OUT-jakknifing, bootstrapping). Biologická interpretace výsledků. Získávání programů pro molekulární fylogenetiku. Hodnocení kurzu studenty za rok 2005 - ZDE
Molekulární taxonomie - studijní materiály
- Učební texty: Dvě kapitoly z učebnice Evoluční biologie (Flegr, Academia 2005) - nepokrývají kurz v celé hloubce a šířce ale určitě významně napomohou zvládnutí probírané látky
- Syllabus přednášky a také Slovník molekulárně biologických termínů – velmi důležité, oba materiály je určitě nutno ke zkoušce prostudovat
Obrazové prezentace promítané během přednášek
- k dispozici jsou prozatím následující sady diapozitivů a audionahrávek- Zahájení kurzu • Audio 2004
- Molekulárně biologické znaky • Audio 2004 • Audio 2005
- Evoluce sekvencí • Audio 2004 • Audio 2005
- Sekvenování • Audio 2004 • Audio 2005
- Restrikční mapování • Audio 2004 • Audio 2005
- Fingerprinting • Audio 2004 • Audio 2005
- Renaturace • Audio 2004 • Audio 2005
- Alozymová analýza • Audio 2004 • Audio 2005
- Imunologické metody, Mikrosatelity, SSCP, SINE • Audio 2004 • Audio 2005
- Výpočet genetických vzdáleností • Audio 2004 • Audio 2005
- Konstrukce fylogenetických stromů • Audio 2004 • Audio 2005
- Testování konkordance rozložení znaku s fylogenezí taxonu • Audio 2004 • Audio 2005
- Molekulární taxonomické programy • Audio 2004
- Zpracování sekvenčních dat • Audio 2004 • Audio 2005
- Shrnutí přednášky, současný stav a perspektivy molekulární taxonomie • Audio 2004 • Audio 2005
Byl bych rád, kdybyste mne upozorňovali na jakékoli chyby a nedostatky, na které narazíte ve zveřejněných materiálech.
J.Flegr, Praha 31.3.04