Data pro praktikum Genetické metody

 

 

Genetická banka, BioEdit

 

Stažení sekvence mamuta

 

NCBI -  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Chceme sekvence DNA - tedy zadáme Search : nucleotide

Jako klíčové slovo pak mamuta (samozřejmě ne česky ale vědecké jméno): Mammuthus

 

Sekvenci zobrazíme ve FASTA formátu, vybereme si oblast našeho zájmu, zkopírujem do schránky a otevřeme v programu BioEdit (třeba přes File - new from clipboard)

http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

 

Do programu BioEdit si takto přetáhneme více sekvencí. Pomocí příkazů v menu Edit si sekvence umístíme do jednoho okna. Vyzkoušíme různá zobrazení rozdílů atd.

 

Alignment:

•V programu BioEdit lze použít možnost: Accessory Applications – ClustalW Multiple Alignment
 

 

 

BLAST

 

Vyhledání podobných sekvencí

 

NCBI -  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Vyhledávámé sekvence DNA - nucleotide blast 

Důležité je v možnosti Database zadat "others"!

 

Příklad 1. Čemu je podobná sekvence mamuta?

 

>Mammuthus_primigenius_cytochrome_b
AATTTCCCAAATCCTAACAGGGTTATTTCTAGCCATACATTATACACCTGACACAATAACTGCATTTTCA
TCTATATCCCATATCTGCCGAGATGTCAACTACGGTTGAATTATTCGACAACTACACTCAAACGGGGCAT
CTATTTTCTTCCTCTGCCTATACACACACATTGGACGAAACATCTACTATGGGTCCTACCTATACTCGGA
AACCTGAAATACTGGCATTATACTACTACTAATCACCATAGCCACCGCCTTCATAGGATATGTCCTTCCG
TGAGGACAAATATCATTCTG

 

 

Příklad 2. Určete z čeho jsou tyto neznámé sekvence:

 

>sekvence1

ctagccatgcactactcaccagacgcctcaaccgccttttcatcaatcgcccacatcactcgagacgtaaattatggctgaatcatccgctaccttca

cgccaatggcgcctcaatattctttatctgcctcttcctacacatcgggcgaggcctatattacggatcatttctctactcagaaacctgaaacatcgg

cattatcctcctgcttgcaactatagcaacagccttcataggctatgtcctcccgtgaggacaaatatcattctga

 

>sekvence2

ATGACCCACATCCGAAAATCCCACCCCTTATTCAAAATTATCAACGACTCATTCATCGACCTACCAGCTC
CATCAAACATTTCCTCCTGATGAAATTTTGGGTCCCTACTAGGTATTTGTTTAGCTGTACAAATCTTAAC
AGGACTGTTCCTAGCAATACATTATACATCAGATACCACAACCGCCTTCTACTCTGTTACCCATATCTGC
CGAGACGTAAATTACGGCTGAATCCTACGTTACCTCCATGCCAACGGAGCATCCATATTCTTCATCTGCC
TATTTATACATGTAGGCCGAGGCATCTATTACGGCTCATACCTATTCACAGAAACATGAAACATTGGCAT
TATCCTTCTATTCGCCGTAATAGCAACAGCATTCATAGGCTATGTCCTCCCA

 

 

Primer3, RepeatMasker

vyhledání repeatů (třeba mikrosatelitových), navrhnutí primerů

 

Primer3 

http://primer3.sourceforge.net/ 

RepeatMasker
http://www.repeatmasker.org/

příklad, mikrosatelitové lokusy myši

>MusY.1
ACACTTTTTCTTTTGCATAATGCTGTGTGGAGATTTTGCAGACAGCATTG
CTGTAAAATGCAGAGTAATTTCTGTAATGAGCTTGTGAAATATTGACTAT
TATGGCCCTCTCTAAGCATGGCTTTAATTATATTCTAGCACAGCAGCTTC
TCTGGGGATACTCAGGTCAGATCACTGACTGAATGTTGTGTTCATTTGAA
ACTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTA
TTGTCATTTGTTGGTGTGCTGAATTCTGTTTTGTTTTGCTTTTAACCTAA
CTAGCTAGAAATTCTGTCAATCTTTTTTCCTTCCTAGAAAGAAGAGACAA
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGAGAGAGAGGAAACACAGGCTTT

>MusY.2
ACAGAGCAGAGAAGAGAAGGAAAACTAGGACTGGAATGTGAAATGATTAA
TTATTTAAAAGAAAAATTGGCTCCAGGCCAGATTTTTTTCTGGTGTTAGA
GAAAACTCATCTCACACAATTATTATTAAGGAGCTTTGTATTCTCTGAGT
TCCTGGAGTGAATCCACACTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAG
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGAGAGAACCTACTGTGTCACTTAAATTAGGTAGCACAACACAATA
TAATCCATCTTTCATGAACTCACAAGCCCTTATACACTTCTCTGATACCA
TGGCCATCTTAGGAAGAATCCTCCTGGGCAAGTAGTTGCTATTTCAACAC
AAACCTGGGATTCCATCTACCCTGGTTGTAATGGGGACC

>MusY.3
TTGTTTGCTCTGTCTGTAGTGGGCTCGGGATGAGTTTGAAGGGCTCTTCA
AGCAGTCAGCTGAAAATGTTAACCAATACCTCACGTAAGTAACAGACAAA
CCAACAGCCAACAGAAACCAATCAACAAAGGCGTCCTTCTCTGCTCGCTT
CAATGCACATCCTCGGTAGATGCTTTGGATAATTAATGGTTGATTGAGCC
TCATGCTGGTGGTAGATGATGATGATGATGATGATGGGAAGTGGTCAGCA
TTGACATTTTCCCTGGAGAAAGAAGGCTTGCCCAGAAACCTTACTTCTAG
GCCTCTGAAGTAATCCAGGTCTTTGTATTGGATAGGGACCCCAAGTTCAT
GGAGCGGACACTGCAGCTAGCCGGCACCCAGCCTTTGGAAGTACTGGAGG
CCATACA

>MusY.4
GCAATTCCATTCGCCCTTTAATATCGAATCACTTTTTATAACCGCGTTTT
GAGCGAACATGAAGCCAGGATCTGACGACTTTCTACCGCCGCCTGAGTGC
CCTGTGTTTGAGCCCAGTTGGGCGGAATTCCGCGATCCTCTTGGCTATAT
AGCTAAAATCAGACCCATTGCGGAGAAATCAGGCATTTGCAAGATACGCC
CACCTGCGGTAAGCCTCTGAAATGAGATGATGATGATGATGATGATGATG
ATGATGATGATCCCTTAACAAGGCCTTAGATTTATGTAGGCGTTTTGAAT
CTTTTTACCTACTCCTTTCATACTGTAGAAAAGTCCTCCAGCCATCCAGA
TTCCTTGTGGTTAGAACTTGAAATGCTTCTGCAGATGTGCAGTTAATACA
TTTTCAGTTAATGGGTTGTCTGTACCATGTTTCAACTAAGAAAAATTCAG
TATACTAGCAGTCTCATTTATAACTGGAAAAATATATTATACAA

 

Elektronická PCR

Co nám budou amplifikovat naše primery?

NCBI -  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Zde například? All Resources - Tools - Electronic PCR - Reverse ePCR

Alternativa:

UCSC - http://genome.ucsc.edu/

sekvence dvojic primerů

GCTGTGTGGAGATTTTGCAG          CAGCACACCAACAAATGACA

TCCACACTGGTGTGTGTGTG          ACTTGCCCAGGAGGATTCTT

TTCAATGCACATCCTCGGTA          TGGGGTCCCTATCCAATACA

GCGGTAAGCCTCTGAAATGA          ACCACAAGGAATCTGGATGG

 

Vyhledání restrikčních míst

 

Webcutter http://rna.lundberg.gu.se/cutter2/

 

Příklad:

Castor fiber

Castor canadensis

 

Sekvence cytochromu b - Kuehn at al. 2000

V mrazáku mám enzym RsaI (GT/AC)

Lze použít pro rozlišení druhů?

 

NCBI -  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Webcutter http://rna.lundberg.gu.se/cutter2/

Primer3 http://primer3.sourceforge.net/

 

 

Celé genomy

 

Hledání v sekvencích celých genomů

 

Ensembl

http://www.ensembl.org/index.html

Příklad: zjistěte přesnou pozici genu pro TLR1 u orangutana a zjistěte, zda se v jeho okolí vyskytují další TLR geny

Alternativy:

NCBI -  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

UCSC - http://genome.ucsc.edu/