DnaSP

Řadu testů poskytuje program DnaSP. Lze stáhnout ze stránky http://www.ub.es/dnasp/

Program zvládne řadu formátů vstupních soubourů, například i FASTA formát.

soubor

soubor ve formátu Phylip

Zkuste otevřít soubor ve fasta formátu.

Po otevření souboru je vhodné (vlastně nutné) zkontrolovat formát našich dat (přes Data - Format).
Zkontrolujte zda odpovídá ploidie a původ (mtDNA, jaderné geny...).
My máme mtDNA (a je samozřejmě haploidní povahy nikoliv diploidní).

V Overview vyzkoušejte Polymorphism data. 
Vidíme, že tu rychle získáme řadu údajů jako haplotypovou a nukleotidovou diverzitu, Tajimovo D...

V menu Analysis zkuste třeba Population size changes. Zjeví se karta, kde zatrhněte Population Growth-Decline a dejte OK.

Zjeví se spousta užitečných údajů a tabulka s hodnotami, kde klikneme na DnaSP Graph. 
Zjeví se známý graf Mismatch distribution.

Pro řadu analýz můžeme zadat sliding window, tedy počítat statistiku s pohybujícím se okně po alignmentu. 
Zkuste takto vypočítat Tajimovo D. V Menu jděte do Analysis a zadejte Tajimovo D. 
Zvolíme na kartě možnost sliding window. Parametry ukazují, jak bude velké okno a o kolik ho budeme postupně posunovat.

Opět zadejte možnost DnaSP graph a koukněte se, jak se mění statistika (zde Tajimovo D) v okně posunovaném po alignmentu.