Praktikum k přednášce Molekulární ekologie

haplotypová síť, PopArt

Haplotypovou síť lze vytvořit v různých programech. V článcích se setkáte třeba s programy TCS nebo Network. 
Vstupní soubor pro TCS vytvoří snadno FaBox.

My si zde ukážeme sympatický program PopArt

http://popart.otago.ac.nz/downloads.shtml

Pokud by byl problém se stažením, tak lze stáhnout alternativně zde

vstupní soubor

Formát vstupního souboru  je Nexus (používá se běžně ve fylogenetice). Vypadá trochu děsivě, ale není to nic složitého.
Dle vzoru snadno soubor vytvoříte i pro svá data. Na internetu je řada možností, jak převést jiný formát na Nexus, případně zapátrejte. Soubor začíná:

#NEXUS
Begin Data;
    Dimensions ntax=9 nchar=466;
    Format datatype=DNA missing=N gap=-;
    Matrix

ntax je počet haplotypů, nchar je délka sekvencí, máme sekvenci DNA,
kdyby nějaké místo nebylo vyřešeno, tak je označeno N
delece jsou označeny -

Po slůvku Matrix následují sekvence haplotypů.
Jsou zde jen unikátní haplotypy. Každá sekvence je tedy jiná. To už si ale umíme ověřit ve FaBoxu.

Pod unikátními haplotypy můžeme zadat například, v jaké populaci se haplotypy vyskytují a v jakém počtu. Místo populací můžeme jako "traits" samozřejmě zadat i cokoliv jiného. V našem souboru tato část říká: máme 3 traits (v našem případě populace), ty tři traits (populace) se jmenují pop1 pop2 pop3, haplotyp 1 byl u osmi jedinců v první populaci, v druhé populaci nebyl a ve třetí populaci ho měli dva jedinci. Následují informace o dalších haplotypech.

Begin Traits;
Dimensions NTraits=3;
Format labels=yes missing=? separator=Comma;
TraitLabels pop1 pop2 pop3;
Matrix
hapl1 8,0,2
...

Rozbalte program a spusťte ho (nápadná ikona popart). Přes menu otevřete soubor (File-open). V menu Network vyberte třeba nejčastěji používaný Median Joining Network. Epsilon neměňte, pokud není třeba (většinou není). Měla by se zobrazit haplotypová síť. Pokuste se vyčíst, co síť vlastně ukazuje. Haplotypy (jako ta kolečka) lze uchopit myší a přesunout, aby se vám network víc líbil. Zkuste změnit barvy, otočit si celou síť nebo si network zvětšit (velké ikony pod menu).