Praktikum k přednášce Molekulární ekologie

Vlastnosti mikrosatelitových lokusů (heterozygotnost, lokusy ve vazbě, nulové alely) a analýza paternity
 

Genepop http://genepop.curtin.edu.au/ 

Cervus 3 (ke stažení z http://www.fieldgenetics.com/pages/home.jsp)

Pro výpočet základních charakteristik mikrosatelitových lokusů lze využít široké spektrum volně dostupných programů.
Během praktika si vyzkoušíme online versi programu Genepop http://genepop.curtin.edu.au/ 
a program Cervus 3 (ke stažení z http://www.fieldgenetics.com/pages/home.jsp)

Úloha*:

Jsou mnou zkoumané lokusy ve vazbě?

Postup:
Pustím online versi programu Genepop http://genepop.curtin.edu.au/
Zvolím Option 2 (Linkage Disequilibrium)
Zadám, zda chci výsledek poslat e-mailem nebo rovnou zobrazit (HTML).
Vložím data (kopírováním nebo zvolením souboru)

Data (pozor zkopírovat včetně prvního řádku):

Druhý příklad:

Data

Úloha*:

Zjistěte očekávané a pozorované heterozygotnosti, počty alel na jednotlivých lokusech, odhad frekvence nulových alel a vypočítejte "Probability of exclusion"

Postup:
Připravím vstupní soubor dle vzoru:

Data

Z adresy http://www.fieldgenetics.com/pages/home.jsp si stáhnu a nainstaluji program Cervus3.
Z hlavního menu zvolím Analysis - Allele Frequency Analysis
Zadáme potřebné údaje. Pozor na minimální očekávanou frekvenci genotypů. Často je potřeba snížit.
Po kliknutí na OK se výsledky zobrazí na obrazovce a uloží do souboru.

Úloha*:

Najděte v souboru jedince (vzorky) se stejnými genotypy.

Postup:
Připravím vstupní soubor dle vzoru:

Data

V programu Cervus zvolím Analysis - Identity Analysis
Zadáme potřebné údaje. Pozor na počet lokusů potřebných ke shodě vzorků a na adresář, kam bude uložen soubor s koncovkou .csv
Shodné ID (označení vzorků nebo jedinců) se objeví přímo na obrazovce.
Shodné genotypy vyhledáme v uloženém souboru s koncovkou .csv (lze otevřít např. v Excelu).

Analýza paternity

Úloha*:
 

Pomocí prostého vyloučení určete, která mláďata jsou mimopárová a dohledejte jejich otce.

Genotypy

Postup

Analýza paternity v programu Cervus

Úloha*:

Dohledejte matky a otce mláďat pomocí programu Cervus. Využijte simulace.

Postup:

1. Připravím vstupní soubory (bude jich více). Nainstaluji si Cervus a zjistím frekvence alel u dospělců (viz minulé praktikum).

Povšimněte si, že tentokrát máme vstupní soubor ve formátu .csv. Tento formát je vhodné zvolit zvláště v případě chybějících dat (u některých jedinců nám chybí na některém z lokusů genotyp).

Frekvence je možné počítat buď z celého vzorku nebo jen z genotypů dospělců. Druhá možnost je rozhodně správnější, zvláště pokud je dospělců dostatek.

data (genotypy dospělců)

2. Zkontroluji identické genotypy a ID (niz minulé praktikum). Nyní však rozhodně kontroluji celý vzorek včetně mláďat!

genotypy (dospělců i mláďat)

3. Provedu simulace pro matky i pro otce. Simulace najdu v menu Analysis:

Postupujeme dle instrukcí programu.

Předpokládejme, že možných matek je 25 a genotypy známe u 24 (96%).

Otce máme hůře ovzorkované. Máme genotypy 24 otců, ale na lokalitě je 48 samců (pro simulace zadáme 50%).

4. dohledání matek

vstupní soubory (nejprve si je pečlivě prohlédněte!):

genotypy (dospělců i mláďat)

matky (seznam ID, 24 matek s genotypy)

mláďata (seznam ID)

Pečlivě si prohlédneme vstupní soubory. Ve známém menu Analysis zadáme Parentage Analysis - Maternity

Postupujeme dle instrukcí programu.

Matky nalezneme v souboru s koncovkou .csv

5. dohledání otců

soubory: 

genotypy (dospělců i mláďat)

mláďata a jejich matky (seznam ID)

možní otci (seznam ID)

Postupujeme obdobně jako při určení matek. V menu Analysis zadáme Parentage Analysis - Paternity.

Postupujeme dle instrukcí programu.

Otce opět nalezneme v souboru s koncovkou .csv