Praktikum k přednášce Molekulární ekologie

Odhady příbuznosti

Colony http://www.zsl.org/users/jinliang-wang

ML-Relate http://www.montana.edu/kalinowski/software/ml-relate/index.html

vstupní soubor

Výpočet heterozygotnosti, IR, SH, HL

GENHET      http://s347624847.onlinehome.fr/research/ac-computer-programs.html

InbreedR (pro R) https://cran.r-project.org/web/packages/inbreedR/vignettes/inbreedR_step_by_step.html

Odhady Ne

NEEstimator http://www.molecularfisherieslaboratory.com.au/neestimator-software/

vstupní soubor

GESP http://www.zoologi.su.se/research/GESP/

Určení sourozenců a rodičů v programu Colony

Úloha*:

Vytvořte skupiny příbuzných mláďat a dohledejte jejich matky a otce pomocí programu Colony.

Postup:

Program Colony si stáhneme ze stránky:

 http://www.zsl.org/users/jinliang-wang

Budeme potřebovat několik vstupních souborů:

Charakteristika lokusů soubor
Obsahuje jména lokusů, typ lokusů (kodominantní značeny 0, dominantní 1), frekvence chyb typu "drop out" (nebo nulové alely), frekvence dalších chyb

Genotypy mláďat soubor
Zde pozor na pořadí a počet lokusů. Musí odpovídat předchozímu souboru. V našem souboru je 177 mláďat.

Genotypy možných matek soubor

Genotypy možných otců soubor

Soubory si uložíme. Zjistíme, kolik je možných matek, otců a kolik máme mláďat (177).

V programu nastavíme možnost nový projekt. Postupujeme logicky po kartách a dle instrukcí.

Příjemnou možností je sledovat postupný vývoj běhu programu. Ve volbě Run z hlavního menu si vybereme možnost Show Assignments Plots

Výsledky zkontrolujeme přes View Results z hlavního menu. Jsou také uloženy do souborů v našem adresáři.

Pozor! I středně dlouhé běhy zaberou hodně času!