Praktikum k přednášce Molekulární ekologie

Selekce, Tajima's D, Arlequin

DnaSP http://www.ub.es/dnasp/
Arlequin http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/Arl35Downloads.html

Úloha*:

Vypočtěte Tajima's D pro sekvence genu.

Postup:
Opět můžeme použít Arlequin.

haplotypy

vzorová populace

Po nahrání souboru zadáme v "Settings" možnost "Neutrality tests".

Úloha*:

Vypočtěte Tajima's D pro sekvence genu. Zjistěte počet synonymních a nesynonymních mutací.

Řadu testů poskytuje program DnaSP. Lze stáhnout ze stránky http://www.ub.es/dnasp/

Program zvládne řadu formátů vstupních soubourů, například i FASTA formát.

soubor

soubor ve formátu Phylip

Po otevření souboru je vhodné zkontrolovat formát našich dat (přes Data - Format).
Zkontrolujte zda odpovídá ploidie a původ (mtDNA, jaderné geny...)

Většinu výpočtů najdeme v možnosti "Analysis" hlavního menu.

Pro rychlou informaci je dobrá i možnost "Overview".