Praktikum k přednášce Molekulární ekologie

Vlastnosti mikrosatelitových lokusů (heterozygotnost, lokusy ve vazbě, nulové alely)
 

Genepop http://genepop.curtin.edu.au/ 

Cervus 3 (ke stažení z http://www.fieldgenetics.com/pages/home.jsp)

Pro výpočet základních charakteristik mikrosatelitových lokusů lze využít široké spektrum volně dostupných programů.
Během praktika si vyzkoušíme online versi programu Genepop http://genepop.curtin.edu.au/ 
a program Cervus 3 (ke stažení z http://www.fieldgenetics.com/pages/home.jsp)

Úloha*:

Jsou mnou zkoumané lokusy ve vazbě?

Postup:
Pustím online versi programu Genepop http://genepop.curtin.edu.au/
Zvolím Option 2 (Linkage Disequilibrium)
Zadám, zda chci výsledek poslat e-mailem nebo rovnou zobrazit (HTML).
Vložím data (kopírováním nebo zvolením souboru)

Data (pozor zkopírovat včetně prvního řádku):

Druhý příklad:

Data

Úloha*:

Zjistěte očekávané a pozorované heterozygotnosti, počty alel na jednotlivých lokusech, odhad frekvence nulových alel

Postup:
Připravím vstupní soubor dle vzoru:

Data

Z adresy http://www.fieldgenetics.com/pages/home.jsp si stáhnu a nainstaluji program Cervus3.
Z hlavního menu zvolím Analysis - Allele Frequency Analysis
Zadáme potřebné údaje. Pozor na minimální očekávanou frekvenci genotypů. Často je potřeba snížit.
Po kliknutí na OK se výsledky zobrazí na obrazovce a uloží do souboru.

Úloha*:

Najděte v souboru jedince (vzorky) se stejnými genotypy.

Postup:
Připravím vstupní soubor dle vzoru:

Data

V programu Cervus zvolím Analysis - Identity Analysis
Zadáme potřebné údaje. Pozor na počet lokusů potřebných ke shodě vzorků a na adresář, kam bude uložen soubor s koncovkou .csv
Shodné ID (označení vzorků nebo jedinců) se objeví přímo na obrazovce.
Shodné genotypy vyhledáme v uloženém souboru s koncovkou .csv (lze otevřít např. v Excelu).

Odhady Ne

NEEstimator http://www.molecularfisherieslaboratory.com.au/neestimator-software/

Alternativně zazipované zde

vstupní soubor genotypy koroptví

vstupní soubor vzorový z programu