Praktikum k přednášce Molekulární ekologie
Analýza paternity
Úloha*:
Pomocí prostého vyloučení určete, která mláďata jsou mimopárová a dohledejte jejich otce.
Analýza paternity v programu Cervus
Úloha*:
Dohledejte matky a otce mláďat pomocí programu Cervus. Využijte simulace.
Postup:
1. Připravím vstupní soubory (bude jich více). Nainstaluji si Cervus a zjistím frekvence alel u dospělců (viz minulé praktikum).
Navíc také zkontrolujeme "Probability of exclusion"
Povšimněte si, že tentokrát máme vstupní soubor ve formátu .csv. Tento formát je vhodné zvolit zvláště v případě chybějících dat (u některých jedinců nám chybí na některém z lokusů genotyp).
Frekvence je možné počítat buď z celého vzorku nebo jen z genotypů dospělců. Druhá možnost je rozhodně správnější, zvláště pokud je dospělců dostatek.
data (genotypy dospělců)
2. Zkontroluji identické genotypy a ID (niz minulé praktikum). Nyní však rozhodně kontroluji celý vzorek včetně mláďat!
genotypy (dospělců i mláďat)
3. Provedu simulace pro matky i pro otce. Simulace najdu v menu Analysis:
Postupujeme dle instrukcí programu.
Předpokládejme, že možných matek je 25 a genotypy známe u 24 (96%).
Otce máme hůře ovzorkované. Máme genotypy 24 otců, ale na lokalitě je 48 samců (pro simulace zadáme 50%).
4. dohledání matek
vstupní soubory (nejprve si je pečlivě prohlédněte!):
genotypy (dospělců i mláďat)
matky (seznam ID, 24 matek s genotypy)
mláďata (seznam ID)
Pečlivě si prohlédneme vstupní soubory. Ve známém menu Analysis zadáme Parentage Analysis - Maternity
Postupujeme dle instrukcí programu.
Matky nalezneme v souboru s koncovkou .csv
5. dohledání otců
soubory:
genotypy (dospělců i mláďat)
mláďata a jejich matky (seznam ID)
možní otci (seznam ID)
Postupujeme obdobně jako při určení matek. V menu Analysis zadáme Parentage Analysis - Paternity.
Postupujeme dle instrukcí programu.
Otce opět nalezneme v souboru s koncovkou .csv