data(manakinMolecular);
mknAdaA <- hzar.doMolecularData1DPops(manakinMolecular$distance, manakinMolecular$ada.A, manakinMolecular$ada.nSamples);
hzar.plot.obsData(mknAdaA);
mknAdaAmodel <- hzar.makeCline1DFreq(mknAdaA, scaling="fixed",tails="none");
mknAdaAmodel <- hzar.model.addBoxReq(mknAdaAmodel,-30,600);
mknAdaAmodelFitR <- hzar.first.fitRequest.old.ML(model=mknAdaAmodel ,mknAdaA,verbose=FALSE);
mknAdaAmodelFitR$mcmcParam$chainLength <- 2e3;
mknAdaAmodelFitR$mcmcParam$burnin <- 5e2;
mknAdaAmodelFit <- hzar.doFit(mknAdaAmodelFitR)
plot(hzar.mcmc.bindLL(mknAdaAmodelFit))
mknAdaAmodelData <- hzar.dataGroup.add(mknAdaAmodelFit);
## Not run:
mknAdaAmodelData <- hzar.dataGroup.add(mknAdaAmodelData,hzar.chain.doSeq(hzar.next.fitRequest(mknAdaAmodelFit)));
hzar.plot.cline(mknAdaAmodelData);
hzar.plot.fzCline(mknAdaAmodelData);
## End(Not run)
print(hzar.getLLCutParam(mknAdaAmodelData,c("center","width")));
mknAdaAmodelNull <- hzar.dataGroup.null(mknAdaA);
mknAdaAdGs <- list(clineModel = mknAdaAmodelData,nullModel = mknAdaAmodelNull);
mknAdaAoDG <- hzar.make.obsDataGroup(mknAdaAdGs);
mknAdaAoDG <- hzar.copyModelLabels(mknAdaAdGs,mknAdaAoDG);
hzar.plot.cline(mknAdaAoDG);
print(hzar.AICc.hzar.obsDataGroup(mknAdaAoDG));