Vzorové úlohy pro zápočtový test

Úloha A:

Získali jsme sekvence mitochondriálního genu bobrů. Alignment sekvencí "ořízněte" na délku nejkratší sekvence.
Sekvence rozdělte do haplotypů. Zjistěte zastoupení jednotlivých haplotypů. Vytvořte haplotypovou síť.

alignment

Úloha B:

Proveďte explorační analýzu dat v programu Genetix pomocí faktoriální korespondenční analýzy. 

data

Úloha C:

Vypočtěte jednoduchou AMOVA v programu Genalex

data

Úloha D:

Z pilotního pokusu mám genotypy na několika mikrosatelitových lokusech. Zjistěte, nakolik jsou tyto lokusy vhodné pro analýzu paternity. Ověřte, zda soubor neobsahuje jedince se stejným ID nebo stejnými genotypy.

Data

Úloha E:

Vyhledejte v genetické bance sekvence vámi zcela libovolně zvoleného genu u vámi zvoleného organismu. Najděte odpovídající sekvence u příbuzných druhů (alespoň dvou různých). Sekvence převeďte do fasta formátu a proveďte jejich alignment. Vyzkoušejte, jaké výsledky poskytne BLAST při zadání vámi vybrané sekvence. Navrhněte primery na vybranou část genu.

Úloha F:

V programu Structure zařaďte jedince dle jejich genotypů do předem určeného počtu (K = 2) skupin.

data

Úloha G:

Vytvořte skupiny příbuzných mláďat a dohledejte jejich matky a otce pomocí programu Colony.

Charakteristika lokusů soubor

Genotypy mláďat soubor
V našem souboru je 177 mláďat.

Genotypy možných matek soubor

Genotypy možných otců soubor

Úloha H:

Sestrojte síť haplotypů (třeba v programu PopArt)

soubor