Dopad nové národní politiky na organizace VaV (ústavy AV ČD a VŠ) povede k základnímu přeskupení finančních prostředků smĕrem k VŠ a k výraznému zastoupení orientovaného výzkumu (75%) na celkových objemech státní podpory VaV v souladu s pravidly EU. Zřízení “národních center výzkumu” je podmínĕno účastí více subjektů, mezi nimi pak I uživatelů.

Vedení VŠ je v souvislosti s novým VŠ zákonem č.111 a touto národní politikou VaV postaveno před nové úkoly. Odstranĕní disproporcí mezi hodnotami vnitřního akademického svĕta a vnĕjšího svĕta accountability je řešitelné jen uplatnĕním vnitřního marketingu a posunu práce od správy k řízení (vytváření dlouhodobých konceptů rozvoje).Tento posun vyžaduje zmĕnu ve smĕru od výkaznictví k aktivnímu sbĕru dat a jejich analýze a aplikací zásad marketingu v řízení VŠ, uplatnĕní manageriálních zásad (specifikace cíle, určení postupů a jejich realizace), organizačních zmĕn pro podpoření rozvoje správních jednotek (fakult) v rámci VŠ.

PřF UK Praha patří spolu s MFF a 1.LF k nejvĕtším fakultám UK. Tyto tři fakulty vytvářejí dohromady 48% veškerých finančních prostředků UK a více než 80% příjmů na výzkum. Zákon 111 vykazuje dva nedostatky. Prvním je zákaz kapitalového podnikání VŠ (takto je porušeno právo stejné šance právních subjektů) a tak dochází k znemožnĕní vytváření joint venture projektů (znemožnĕní know-how transferu a spin off, up-datu odborné náplnĕ studijních předmĕtů, získání finančních zdrojů). Druhým nedostatkem je imperativní vytvoření organizačních celků, nadmíru heterogenních, bez integrující koncepce a bez možnosti centra takto vytvořený útvar řídit (ztráta právní subjektivity je nahrazena delegováním pravomocí centra na fakulty, včetnĕ vlastních mzdových předpisů). Imperativnĕ vzniklé organizační celky VŠ nejsou schopny ani zajistit správu celku, v důsledku chybĕjící koncepce, zkušenosti, chybĕjícího personálního I materiálního zajištĕní. Pro velké fakulty, které nĕkdy mají vĕtší roční rozpočet než celá VŠ (v roce 1999 PřF 370 milionů Kč, zatímco Universita v ústí/Labem 250 milonů Kč) je vytváření sdružených celků formální.

PřF UK Praha používá pro řízení fakulty koncepci decentralizované finanční zodpovĕdnosti. Její princip spočívá ve vytvoření příjmovĕ-nákladových středisek (profit center) na úrovni kateder, ústavů, dílen, oddĕlení administrativy, grantů, hospodářských smluv, konferencí, atd. účetní systém PřF sleduje bilančnĕ více než 700 samostatných účtů. Příjmovou stranu účtu tvoří definovaný, reálný příjem. Správa PřF UK Praha využívá systémové řešení (FIS, v současné dobĕ i na MFF, 1.LF, PedF, FaF, jinak celé ČVUT Praha, JČU České Budĕjovice a další), jehož součástí jsou různé správní moduly. Výsledky PřF za poslední tři roky dokumentují opodstatnĕnost navržené a realizované koncepce.