Podle této hypotézy může parazit účelně měnit chování hostitele a tím zvýšit pravděpodobnost přenosu do dalšího hostitele. Parazit-manipulátor tak získává selekční výhodu oproti ostatním nemanipulujícím jedincům, což se projeví v jeho větším reprodukčním úspěchu a v konečném důsledku k fixaci genů zodpovědných za manipulaci v dané populaci parazita. Výzkum chování nakažených zvířat ukazuje, že množství parazitických organismů (jak prvoků, tak i helmintů a bakterií) způsobuje změny v chování hostitele. Často jsou však změny v chování pouze vedlejším efektem onemocnění a je velmi těžké rozhodnout zda se skutečně jedná o adaptaci parazita. U parazitů přenosných predací, mezi něž patří i Toxoplasma gondii, hrají zásadní roli v ověřování manipulační hypotézy predační pokusy. Principem predačních experimentů je porovnávání frekvence nakažených jedinců v kořisti predátora s frekvencí výskytu infekce v celé populaci.