Evolutionary genetics 2/1 ZK/Z

Radka Reifová


Winter term 2023-2024
Lectures take place every Monday from 9am in the room B2P.
2.10. Genes and genomes presentation
9.10. cancelled
16.10. cancelled
23.10. Inheritance presentation
30.10. Students' presentations
6.11. Introduction to population genetics presentation
13.11. Neutral evolution, molecular clocks presentation1, presentation2
20.11. Selection presentation
27.11. Students' presentations
4.12. Functional genetics presentation
11.12. Speciation presentation
18.12. Gene trees and species trees presentation
8.1. Students' presentations

Zimní semestr 2022-2023
Přednáška se koná každé pondělí od 9:00 hod v posluchárně B2P. Součástí přednášky jsou referáty studentů o novinkách v oboru. Za referát se uděluje zápočet.
3.10. Geny a genomy prezentace
10.10. Dědičnost prezentace
17.10. Úvod do populační genetiky prezentace
24.10. Neutrální evoluce, molekulární hodiny prezentace
31.10. Selekce prezentace
7.11. Funkční genetika prezentace
14.11. Speciace prezentace
21.11. Referáty studentů
28.11. Genealogie a fylogeneze prezentace
5.12. odpadá
12.12. Referáty studentů
19.12. Referáty studentů

Zimní semestr 2021-2022
Přednáška se koná každé pondělí od 9:00 hod v posluchárně B2P. Součástí přednášky jsou referáty studentů o novinkách v oboru. Za referát se uděluje zápočet.
4.10. Geny a genomy (RR) prezentace
11.10. Dědičnost (RR) prezentace
18.10. Úvod do populační genetiky (RR) prezentace
25.10. Teorie neutrální evoluce, molekulární hodiny (RR) prezentace
1.11. Selekce (RR) prezentace
8.11. Funkční genetika (RR) prezentace
15.11. Referáty studentů (Blok 1)
22.11. Genealogie (PM) prezentace
29.11. Speciace (RR) prezentace
6.12. Fylogeneze (ZM)
13.12. Referáty studentů (Blok 2)

Zimní semestr 2020-2021
Vzhledem k současné epidemiologické situaci bude přednáška v tomto semestru vyučována on-line. Podrobnější informace zapsaní studenti obdrží emailem
5.10. Geny a genomy (RR) prezentace
12.10. Dědičnost (RR) prezentace
19.10. Úvod do populační genetiky (RR) prezentace
26.10. Teorie neutrální evoluce, molekulární hodiny (RR) prezentace
2.11. Selekce (RR) prezentace
9.11. Referáty studentů (Blok 1)
16.11. Funkční genetika (RR) prezentace
23.11. Referáty studentů (Blok 2)
30.11. Genealogie (PM) prezentace
7.12. Speciace (PM) prezentace
14.12. Fylogeneze (ZM) prezentace
21.12. Referáty studentů (Blok 3)

Zimní semestr 2019-2020
Přednáška se koná každé pondělí od 9:00 hod v posluchárně B2P. Součástí přednášky jsou referáty studentů o novinkách v oboru. Za referát se uděluje zápočet.
7.10. Geny a genomy (RR) prezentace
14.10. Dědičnost (RR) prezentace
21.10. Referáty studentů (Blok1)
4.11. Úvod do populační genetiky, neutrální evoluce (PM) prezentace
11.11. Selekce (PM) prezentace
18.11. Funkční genetika (RR) prezentace
25.11. Referáty studentů (Blok 2)
2.12. Genealogie (RR) prezentace
9.12. Fylogeneze (ZM) prezentace
16.12. Speciace (RR) prezentace
6.1. Referáty studentů (Blok 3)

Zimní semestr 2018-2019
Přednáška se koná každé pondělí od 14:50 hod v posluchárně B2P. Součástí přednášky jsou referáty studentů o novinkách v oboru. Za referát se uděluje zápočet.
1.10. Geny a genomy (RR) prezentace
8.10. Dědičnost (RR) prezentace
15.10. Referáty studentů (Blok1)
22.10. Úvod do populační genetiky (PM) prezentace
29.10. Teorie neutrální evoluce a molekulární hodiny (RR) prezentace
5.11. Selekce (RR) prezentace
12.11. Detekce selekce na molekulární úrovni a genetická podstata adaptací (RR) prezentace
19.11. Genealogie (PM) prezentace
26.11. Referáty studentů (Blok 2)
3.12. Funkční genetika (RR) prezentace
10.12. Speciace (PM) prezentace
17.12. Fylogeneze (ZM) prezentace
7.1. Referáty studentů (Blok 3)

Témata na referáty a články

Blok I
Endosymbiotická hypotéza (Alexandra Polonyiová) článek, článek, referát
Vznik intronů u eukaryot (Jan Hamalčík) článek, referát
Transpozony a speciace (Petra Gajdošová) článek, článek, referát
Transpozony a adaptivní evoluce (Cyril Chudáček) článek, referát
Proč pohlavní chromosomy přestaly rekombinovat? (Alžběta Báčová) článek, referát
Faktory ovlivňující růst telomer u lososa (Marek Brindzák) referát

Blok II
Epigenetická dědičnost a priony (Adam Král) článek, referát
T-haplotyp a migrace u myší domácích (Milan Ročeň) článek, referát
Je molekulární evoluce rychlejší v tropech? (Lenka Váňová) článek, referát
Genetický drift, rychlejší evoluce na chromosomu Z a speciace (Tomáš Charvát) článek, referát
Let a evoluce genomu u ptáků a savců (Dominika Branišová) článek, článek, referát
Jak tetry slepé přišly o oči? (Ondřej Šimera) článek, referát
Co je substrátem adaptivní evoluce? (Lenka Ungrová) článek, referát
Transpozony a stárnutí u sociálního hmyzu (Valentová Iveta) článek, článek, referát

Blok III
Mutační rychlost mitochondriální a plastidové DNA u rostlin (Jan Kotásek) článek
Historie lidských adaptací (Jana Šrutová) článek
Důsledky mezidruhové introgrese do lidského genomu (Michaela Rusková) článek
Rychlá hybridní speciace u Darwinových pěnkav (Marek Uvizl) článek
Horizontální přenos transpozonů (Matěj Pokorný) článek, článek, článek, článek
Genomické ostrovy speciace článek 1, článek 2
Jak chromosomální inverze posilují reprodukční izolaci článek 1, článek 2
Příčiny rychlé radiace panenek (Lonchura sp.) článek
Speciace a koevoluce mezi mtDNA a jadernou DNA článek
Chromosom specifický pro germinální linii u zebřičky článek
Mimetický polymorfismus u Heliconius numata článek, článek


Doporučená literatura
An Introduction to Population Genetics (2013) Rasmus Nielsen and Montgomery Slatkin (v knihovně).
Molecular Evolution: A Statistical Approach (2014) Ziheng Yang (v knihovně).
Conservation and the Genetics of Populations (2012) Fred W. Allendorf, Gordon H. Luikart, Sally N. Aitken. pdf
Molecular Ecology, Second Edition (2012) Joanna R. Freeland, Heather Kirk, Stephen Petersen. pdf
Speciation (2004) Jerry A. Coyne and H. Allen Orr (v knihovně).
Genes in conflict (2006) Austin Burt and Robert Trivers (v knihovně), pdf.
Elements of Evolutionary Genetics (2010) Brian Charlesworth and Deborah Charlesworth (v knihovně).
Population Genetics and Microevolutionary Theory (2006) Alan R. Templeton (v knihovně).
Principles of Population Genetics (různá vydání) Daniel L. Hartl, Andrew G. Clark (v knihovně)
Genetics of Populations (různá vydání) Philip W. Hedrick (v knihovně)
Evolution (různá vydání) Douglas J. Futuyma
Divergence with Genetic Exchange (2015) Michael L. Arnold
Evoluční biologie (2009) Jaroslav Flegr (v knihovně).
Jak se dělá evoluce (2017) Jan Zrzavý a kol. (v knihovně).

Programy
PopG genetic simulation program
DnaSP
jModelTest 2
Simulace koalescence/


Zimní semestr 2017-2018
Přednáška se koná každé pondělí od 14:50 hod v posluchárně B2P. Součástí přednášky jsou referáty studentů o novinkách v oboru. Za referát se uděluje zápočet.
2.10. Geny a genomy (RR) prezentace čtivo
9.10. Dědičnost (RR) prezentace
16.10. Referáty studentů (Blok1)
23.10. Úvod do populační genetiky (PM) prezentace
30.10. Teorie neutrální evoluce a molekulární hodiny (RR) prezentace
6.11. Selekce (PM) prezentace
13.11. Detekce selekce na molekulární úrovni a genetická podstata adaptací (RR) prezentace čtivo
20.11. Genealogie (PM) prezentace
27.11. Referáty studentů (Blok 2)
4.12. Funkční genetika (RR) prezentace
11.12. Speciace (RR) prezentace
18.12. Fylogeneze (ZM) prezentace
8.1. Referáty studentů (Blok 3)

Témata na referáty a články
Téma prosím konzultujte s přednášejícím uvedným v závorce

Blok I
Původ a evoluce intronů (RR) (Kateřina Břicháčková) článek 1, článek 2, referát
Invaze P-elementu u Drozofily (RR) (Kamila Herková) článek, referát
Paleopolyploidizace a evoluce (RR) (Květa Brázdilová) článek, referát
Horizontální genový přenos z Wolbachií do živočichů (RR) (Prokop Košátko) článek 1, článek 2, referát
Evoluce dominance (PM) (Aleksandra Shumilova) článek 1, článek 2, článek 3, referát
Centromery a meiotický tah u myší (PM) (Kateřina Falteisková) článek, referát

Blok II
Evoluční původ V(D)J rekombinace (RR) (Barbora Křístková) článek, referát
Rychlá adaptivní opověď na vznik přenosného nádoru u ďábla medvědovitého (RR) (Lenka Backová) článek, referát
Dědičnost zbarvení kukaččích vajec (RR) (Sylvie Dlugošová) článek, referát
Editování lidského genomu (RR) (Radek Tyl) referát

Blok III
Historie lidského chromosomu Y (Jan Šáfr) (PM) článek
Alochronie a speciace (RR) (Marek Brindzák) článek 1, článek 2
Hybridizace a adaptivní radiace u cichlid (RR) (Veronika Truhlářová) článek
Differenciace genomu během speciace strašilek (RR) (Markéta Šárová) článek
Vznik adaptací introgresí a horizontálním genovým přenosem (PM) (Veronika Konečná) článek
Hybridizace papoušků kakariki (RR) (Lukáš Pazdera)
Evoluce mutační rychlosti (RR) (Lucie Baránková) článek
Supergen a polymorfismus u jespáků (RR) článek
Supergen a spermie u zebřičky (RR) článek 1, článek 2
Co je substrátem adaptivní evoluce? (RR) článek
Historie lidských adaptací (RR) článek
mtDNA a matčina kletba (RR) článek
Genomické ostrovy speciace (PM) článek 1, článek 2