Evolutionary genetics 2/1 ZK/Z
Radka Reifová
Winter term 2023-2024
Lectures take place every Monday from 9am in the room B2P.
2.10. | Genes and genomes | presentation | |
9.10. | cancelled | ||
16.10. | cancelled | ||
23.10. | Inheritance | presentation | |
30.10. | Students' presentations | ||
6.11. | Introduction to population genetics | presentation | |
13.11. | Neutral evolution, molecular clocks | presentation1, presentation2 | |
20.11. | Selection | presentation | |
27.11. | Students' presentations | ||
4.12. | Functional genetics | presentation | |
11.12. | Speciation | presentation | |
18.12. | Gene trees and species trees | presentation | |
8.1. | Students' presentations |
Zimní semestr 2022-2023
Přednáška se koná každé pondělí od 9:00 hod v posluchárně B2P. Součástí přednášky jsou referáty studentů o novinkách v oboru. Za referát se uděluje zápočet.
3.10. | Geny a genomy | prezentace |
10.10. | Dědičnost | prezentace |
17.10. | Úvod do populační genetiky | prezentace |
24.10. | Neutrální evoluce, molekulární hodiny | prezentace |
31.10. | Selekce | prezentace |
7.11. | Funkční genetika | prezentace |
14.11. | Speciace | prezentace |
21.11. | Referáty studentů | |
28.11. | Genealogie a fylogeneze | prezentace |
5.12. | odpadá | |
12.12. | Referáty studentů | |
19.12. | Referáty studentů |
Zimní semestr 2021-2022
Přednáška se koná každé pondělí od 9:00 hod v posluchárně B2P. Součástí přednášky jsou referáty studentů o novinkách v oboru. Za referát se uděluje zápočet.
4.10. | Geny a genomy (RR) | prezentace |
11.10. | Dědičnost (RR) | prezentace |
18.10. | Úvod do populační genetiky (RR) | prezentace |
25.10. | Teorie neutrální evoluce, molekulární hodiny (RR) | prezentace |
1.11. | Selekce (RR) | prezentace |
8.11. | Funkční genetika (RR) | prezentace |
15.11. | Referáty studentů (Blok 1) | |
22.11. | Genealogie (PM) | prezentace |
29.11. | Speciace (RR) | prezentace |
6.12. | Fylogeneze (ZM) | |
13.12. | Referáty studentů (Blok 2) |
Zimní semestr 2020-2021
Vzhledem k současné epidemiologické situaci bude přednáška v tomto semestru vyučována on-line. Podrobnější informace zapsaní studenti obdrží emailem
5.10. | Geny a genomy (RR) | prezentace |
12.10. | Dědičnost (RR) | prezentace |
19.10. | Úvod do populační genetiky (RR) | prezentace |
26.10. | Teorie neutrální evoluce, molekulární hodiny (RR) | prezentace |
2.11. | Selekce (RR) | prezentace |
9.11. | Referáty studentů (Blok 1) | |
16.11. | Funkční genetika (RR) | prezentace |
23.11. | Referáty studentů (Blok 2) | |
30.11. | Genealogie (PM) | prezentace |
7.12. | Speciace (PM) | prezentace |
14.12. | Fylogeneze (ZM) | prezentace |
21.12. | Referáty studentů (Blok 3) |
Zimní semestr 2019-2020
Přednáška se koná každé pondělí od 9:00 hod v posluchárně B2P. Součástí přednášky jsou referáty studentů o novinkách v oboru. Za referát se uděluje zápočet.
7.10. | Geny a genomy (RR) | prezentace |
14.10. | Dědičnost (RR) | prezentace |
21.10. | Referáty studentů (Blok1) | |
4.11. | Úvod do populační genetiky, neutrální evoluce (PM) | prezentace |
11.11. | Selekce (PM) | prezentace |
18.11. | Funkční genetika (RR) | prezentace |
25.11. | Referáty studentů (Blok 2) | |
2.12. | Genealogie (RR) | prezentace |
9.12. | Fylogeneze (ZM) | prezentace |
16.12. | Speciace (RR) | prezentace |
6.1. | Referáty studentů (Blok 3) |
Zimní semestr 2018-2019
Přednáška se koná každé pondělí od 14:50 hod v posluchárně B2P. Součástí přednášky jsou referáty studentů o novinkách v oboru. Za referát se uděluje zápočet.
1.10. | Geny a genomy (RR) | prezentace |
8.10. | Dědičnost (RR) | prezentace |
15.10. | Referáty studentů (Blok1) | |
22.10. | Úvod do populační genetiky (PM) | prezentace |
29.10. | Teorie neutrální evoluce a molekulární hodiny (RR) | prezentace |
5.11. | Selekce (RR) | prezentace |
12.11. | Detekce selekce na molekulární úrovni a genetická podstata adaptací (RR) | prezentace |
19.11. | Genealogie (PM) | prezentace |
26.11. | Referáty studentů (Blok 2) | |
3.12. | Funkční genetika (RR) | prezentace |
10.12. | Speciace (PM) | prezentace |
17.12. | Fylogeneze (ZM) | prezentace |
7.1. | Referáty studentů (Blok 3) |
Témata na referáty a články
Blok I
Endosymbiotická hypotéza (Alexandra Polonyiová) článek, článek, referát
Vznik intronů u eukaryot (Jan Hamalčík) článek, referát
Transpozony a speciace (Petra Gajdošová) článek, článek, referát
Transpozony a adaptivní evoluce (Cyril Chudáček) článek, referát
Proč pohlavní chromosomy přestaly rekombinovat? (Alžběta Báčová) článek, referát
Faktory ovlivňující růst telomer u lososa (Marek Brindzák) referát
Blok II
Epigenetická dědičnost a priony (Adam Král) článek, referát
T-haplotyp a migrace u myší domácích (Milan Ročeň) článek, referát
Je molekulární evoluce rychlejší v tropech? (Lenka Váňová) článek, referát
Genetický drift, rychlejší evoluce na chromosomu Z a speciace (Tomáš Charvát) článek, referát
Let a evoluce genomu u ptáků a savců (Dominika Branišová) článek, článek, referát
Jak tetry slepé přišly o oči? (Ondřej Šimera) článek, referát
Co je substrátem adaptivní evoluce? (Lenka Ungrová) článek, referát
Transpozony a stárnutí u sociálního hmyzu (Valentová Iveta) článek, článek, referát
Blok III
Mutační rychlost mitochondriální a plastidové DNA u rostlin (Jan Kotásek) článek
Historie lidských adaptací (Jana Šrutová) článek
Důsledky mezidruhové introgrese do lidského genomu (Michaela Rusková) článek
Rychlá hybridní speciace u Darwinových pěnkav (Marek Uvizl) článek
Horizontální přenos transpozonů (Matěj Pokorný) článek, článek, článek, článek
Genomické ostrovy speciace článek 1, článek 2
Jak chromosomální inverze posilují reprodukční izolaci článek 1, článek 2
Příčiny rychlé radiace panenek (Lonchura sp.) článek
Speciace a koevoluce mezi mtDNA a jadernou DNA článek
Chromosom specifický pro germinální linii u zebřičky článek
Mimetický polymorfismus u Heliconius numata článek, článek
Doporučená literatura
An Introduction to Population Genetics (2013) Rasmus Nielsen and Montgomery Slatkin (v knihovně).
Molecular Evolution: A Statistical Approach (2014) Ziheng Yang (v knihovně).
Conservation and the Genetics of Populations (2012) Fred W. Allendorf, Gordon H. Luikart, Sally N. Aitken. pdf
Molecular Ecology, Second Edition (2012) Joanna R. Freeland, Heather Kirk, Stephen Petersen. pdf
Speciation (2004) Jerry A. Coyne and H. Allen Orr (v knihovně).
Genes in conflict (2006) Austin Burt and Robert Trivers (v knihovně), pdf.
Elements of Evolutionary Genetics (2010) Brian Charlesworth and Deborah Charlesworth (v knihovně).
Population Genetics and Microevolutionary Theory (2006) Alan R. Templeton (v knihovně).
Principles of Population Genetics (různá vydání) Daniel L. Hartl, Andrew G. Clark (v knihovně)
Genetics of Populations (různá vydání) Philip W. Hedrick (v knihovně)
Evolution (různá vydání) Douglas J. Futuyma
Divergence with Genetic Exchange (2015) Michael L. Arnold
Evoluční biologie (2009) Jaroslav Flegr (v knihovně).
Jak se dělá evoluce (2017) Jan Zrzavý a kol. (v knihovně).
Programy
PopG genetic simulation program
DnaSP
jModelTest 2
Simulace koalescence/
Zimní semestr 2017-2018
Přednáška se koná každé pondělí od 14:50 hod v posluchárně B2P. Součástí přednášky jsou referáty studentů o novinkách v oboru. Za referát se uděluje zápočet.
2.10. | Geny a genomy (RR) | prezentace | čtivo |
9.10. | Dědičnost (RR) | prezentace | |
16.10. | Referáty studentů (Blok1) | ||
23.10. | Úvod do populační genetiky (PM) | prezentace | |
30.10. | Teorie neutrální evoluce a molekulární hodiny (RR) | prezentace | |
6.11. | Selekce (PM) | prezentace | |
13.11. | Detekce selekce na molekulární úrovni a genetická podstata adaptací (RR) | prezentace | čtivo |
20.11. | Genealogie (PM) | prezentace | |
27.11. | Referáty studentů (Blok 2) | ||
4.12. | Funkční genetika (RR) | prezentace | |
11.12. | Speciace (RR) | prezentace | |
18.12. | Fylogeneze (ZM) | prezentace | |
8.1. | Referáty studentů (Blok 3) |