Data pro praktikum Genetické
metody
Genetická banka, BioEdit
Stažení sekvence mamuta
NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Chceme sekvence DNA - tedy zadáme Search : nucleotide
Jako klíčové slovo pak víkonose nebo mamuta (samozřejmě ne česky ale vědecké jméno): Rhinopoma, Mammuthus ...
Sekvenci zobrazíme ve FASTA formátu, vybereme si oblast našeho zájmu, zkopírujem do schránky.
Pro alignment sekvencí lze použít řadu algoritmů. My zkusíme klasický ClustalW. Ten lze stáhnout přímo nebo ho využít implementovaný ve větších programových balících (třeba BioEdit).
Zkusíme stránku EMBL-EBI
Vyhledání podobných sekvencí
NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Vyhledávámé sekvence DNA - nucleotide blast
Důležité je v možnosti Database pohlídat "others"!
Příklad 2. Určete z čeho jsou tyto neznámé sekvence:
>sekvence1
ctagccatgcactactcaccagacgcctcaaccgccttttcatcaatcgcccacatcactcgagacgtaaattatggctgaatcatccgctaccttca
cgccaatggcgcctcaatattctttatctgcctcttcctacacatcgggcgaggcctatattacggatcatttctctactcagaaacctgaaacatcgg
cattatcctcctgcttgcaactatagcaacagccttcataggctatgtcctcccgtgaggacaaatatcattctga
>sekvence2
ATGACCCACATCCGAAAATCCCACCCCTTATTCAAAATTATCAACGACTCATTCATCGACCTACCAGCTC
CATCAAACATTTCCTCCTGATGAAATTTTGGGTCCCTACTAGGTATTTGTTTAGCTGTACAAATCTTAAC
AGGACTGTTCCTAGCAATACATTATACATCAGATACCACAACCGCCTTCTACTCTGTTACCCATATCTGC
CGAGACGTAAATTACGGCTGAATCCTACGTTACCTCCATGCCAACGGAGCATCCATATTCTTCATCTGCC
TATTTATACATGTAGGCCGAGGCATCTATTACGGCTCATACCTATTCACAGAAACATGAAACATTGGCAT
TATCCTTCTATTCGCCGTAATAGCAACAGCATTCATAGGCTATGTCCTCCCA
vyhledání repeatů (třeba mikrosatelitových), navrhnutí primerů
Primer3
RepeatMasker
http://www.repeatmasker.org/
příklad, mikrosatelitové lokusy myši
>MusY.1
ACACTTTTTCTTTTGCATAATGCTGTGTGGAGATTTTGCAGACAGCATTG
CTGTAAAATGCAGAGTAATTTCTGTAATGAGCTTGTGAAATATTGACTAT
TATGGCCCTCTCTAAGCATGGCTTTAATTATATTCTAGCACAGCAGCTTC
TCTGGGGATACTCAGGTCAGATCACTGACTGAATGTTGTGTTCATTTGAA
ACTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTA
TTGTCATTTGTTGGTGTGCTGAATTCTGTTTTGTTTTGCTTTTAACCTAA
CTAGCTAGAAATTCTGTCAATCTTTTTTCCTTCCTAGAAAGAAGAGACAA
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGAGAGAGAGGAAACACAGGCTTT
>MusY.2
ACAGAGCAGAGAAGAGAAGGAAAACTAGGACTGGAATGTGAAATGATTAA
TTATTTAAAAGAAAAATTGGCTCCAGGCCAGATTTTTTTCTGGTGTTAGA
GAAAACTCATCTCACACAATTATTATTAAGGAGCTTTGTATTCTCTGAGT
TCCTGGAGTGAATCCACACTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAG
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGAGAGAACCTACTGTGTCACTTAAATTAGGTAGCACAACACAATA
TAATCCATCTTTCATGAACTCACAAGCCCTTATACACTTCTCTGATACCA
TGGCCATCTTAGGAAGAATCCTCCTGGGCAAGTAGTTGCTATTTCAACAC
AAACCTGGGATTCCATCTACCCTGGTTGTAATGGGGACC
>MusY.3
TTGTTTGCTCTGTCTGTAGTGGGCTCGGGATGAGTTTGAAGGGCTCTTCA
AGCAGTCAGCTGAAAATGTTAACCAATACCTCACGTAAGTAACAGACAAA
CCAACAGCCAACAGAAACCAATCAACAAAGGCGTCCTTCTCTGCTCGCTT
CAATGCACATCCTCGGTAGATGCTTTGGATAATTAATGGTTGATTGAGCC
TCATGCTGGTGGTAGATGATGATGATGATGATGATGGGAAGTGGTCAGCA
TTGACATTTTCCCTGGAGAAAGAAGGCTTGCCCAGAAACCTTACTTCTAG
GCCTCTGAAGTAATCCAGGTCTTTGTATTGGATAGGGACCCCAAGTTCAT
GGAGCGGACACTGCAGCTAGCCGGCACCCAGCCTTTGGAAGTACTGGAGG
CCATACA
>MusY.4
GCAATTCCATTCGCCCTTTAATATCGAATCACTTTTTATAACCGCGTTTT
GAGCGAACATGAAGCCAGGATCTGACGACTTTCTACCGCCGCCTGAGTGC
CCTGTGTTTGAGCCCAGTTGGGCGGAATTCCGCGATCCTCTTGGCTATAT
AGCTAAAATCAGACCCATTGCGGAGAAATCAGGCATTTGCAAGATACGCC
CACCTGCGGTAAGCCTCTGAAATGAGATGATGATGATGATGATGATGATG
ATGATGATGATCCCTTAACAAGGCCTTAGATTTATGTAGGCGTTTTGAAT
CTTTTTACCTACTCCTTTCATACTGTAGAAAAGTCCTCCAGCCATCCAGA
TTCCTTGTGGTTAGAACTTGAAATGCTTCTGCAGATGTGCAGTTAATACA
TTTTCAGTTAATGGGTTGTCTGTACCATGTTTCAACTAAGAAAAATTCAG
TATACTAGCAGTCTCATTTATAACTGGAAAAATATATTATACAA
Co nám budou amplifikovat naše primery?
UCSC - http://genome.ucsc.edu/
Zde možnost In-Silico PCR
sekvence dvojic primerů
GCTGTGTGGAGATTTTGCAG CAGCACACCAACAAATGACA
TCCACACTGGTGTGTGTGTG ACTTGCCCAGGAGGATTCTT
TTCAATGCACATCCTCGGTA TGGGGTCCCTATCCAATACA
GCGGTAAGCCTCTGAAATGA ACCACAAGGAATCTGGATGG
Hledání v sekvencích celých genomů
Ensembl
Příklad:
1) Zjistěte pozici MC1R u člověka. Zjistěte, zda má tento gen alternativní sestřih. Zjistěte, jaké jsou popsané fenotypy pro MC1R u člověka a pro ortologní geny u jiných organismů. Zjistěte, jaké geny leží v okolí.
2) Zjistěte, kolik genů leží v oblasti 0.5 Mb před a 0.5 Mb za MC1R u člověka. Kolik z těchto genů má jasné ortology u potkana? Kde v genomu potkana tyto ortology leží? Které z těchto genů mají u potkana hodně odlišnou sekvenci (a mohou tak být zajímavé rychlou evolucí)?