Stopová laboratoř slouží pro přípravu vzorků, u kterých je třeba eliminovat či snížit na minimum možnost kontaminace vlivem nečistot, které mohou negativně ovlivňovat citlivá a přesná stanovení. V této laboratoři je eliminován vliv atmosférických částic na přípravu vzorku, vliv nečistot v chemikáliích použitých při přípravě vzorků, chyb vážení a podobně. Laboratoř je vybavena přetlakovým zařízením s filtrací a temperací vzduchu, laminárními boxy firmy Holten, křemennými a teflonovými destilačními přístroji na výrobu čistých kyselin, analytickými váhami firmy Sartorius. Dále je laboratoř vybavena teflonovým nádobím pro mineralizaci a skladování vzorků od firem Savillex a Nalgene.