Laboratory for Evolutionary and Ecological Immunology

Offers for PhD students and PostDocs

We offer the PhD and PostDoc positions only based on specific calls. However, if you are a highly motivated candidate for a position, you can contact the leader of the research group and suggest your idea of a future collaboration (there are possibilities to obtain extra competitive resources for specifically motivated candidates).

Current calls: there are currently no calls

Offers for Bc and MSc students

We welcome all motivated students who wish to learn more about evolutionary and ecological immunology and immunogenetics. For Bc and MSc students there are no particular entrance requirements with respect to knowledge or skills. We, however, demand personal diligence.

Do your bachelor thesis in our team!

Téma: Stabilita složení střevní mikrobioty obratlovců
(Stability of gut microbiota composition in vertebrates)

Tématu střevní mikrobioty obratlovců je dnes věnováno mnoho pozornosti. Většina studií je založena na analýze vzorků pouze z jednoho časového bodu. Stabilita složení mikrobioty v čase byla dosud studována pouze u omezeného počtu druhů hostitelů. Cílem této bakalářské práce je proto shrnout dosavadní poznatky o krátkodobé i dlouhodobé stabilitě složení střevní mikrobioty u různých druhů obratlovců, a zjistit, zda se tato stabilita liší mezi jednotlivými skupinami bakterií. Stručně bude také zhodnocena stabilita dalších mikrobiálních společenstev organismu. Součástí práce by měl být také kritický náhled na ekologické faktory ovlivňující stabilitu mikrobioty. Přestože bakalářská práce je pouze rešerší literatury, nabízíme i možnost aktivního zapojení do výzkumu na toto téma (nad rámec BP).

Téma: Hormonální regulace zánětlivé imunitní odpovědi u ptáků
(Hormonal regulation of inflammatory immune response in birds)

Někteří ptáci (např. pěvci nebo papoušci) jsou vynikajícími modelovými druhy pro výzkum fyziologických efektů na imunitu, protože s člověkem překvapivě sdílí celou řadu společných vlastností – jsou dlouhověcí, inteligentní, aktivní ve dne, a někteří dokonce obývají lidská obydlí v těsném kontaktu s lidmi. Přesto o regulaci ptačí imunity víme ve srovnání se savci jen poměrně málo, a i to málo co víme, se týká spíše drůbeže než druhů, které běžně doma chováme a se kterými si můžeme denně vyměňovat část potenciálních patogenů. Tato bakalářská práce se zaměřuje na hormonální regulaci ptačí imunity a klade si za cíl popsat šíři známé evidence pro efekty různých endokrinních regulátorů imunity popsané na různých ptačích modelech. Práce by se měla spíše v obecnější rovině zaměřit na všechny studované typy hormonů a přinést příklady jak korelativních vztahů, tak i manipulativních experimentů. Možností je navazující magisterská diplomová práce na příbuzné téma.

Téma: Evoluce diverzity genů inflamazomu u obratlovců
(Inflammasome gene diversity evolution in vertebrates)

Inflamazóm je proteinový komplex aktivující nejrůznější prozánětlivé procesy a programovanou buněčnou smrt. Jeho exprese v myeloidních buňkách podmiňuje správnou funkci vrozené imunity. Stávající genomická data naznačují, že má u různých skupin obratlovců odlišné složení, což by mohlo mít zásadní vliv také na jeho funkci a tím také regulaci základních cyklů imunitních buněk. Jaké jsou ale experimentální důkazy pro odlišné složení inflamazómu u různých taxonů? Existují data o odlišném efektu aktivace inflamazómu na buněčnou signalizaci u různých druhů? Tato bakalářská práce si klade za cíl zrevidovat literaturu popisující složení inflamazómu u různých druhů obratlovců a zejména porovnat informace dostupné pro ptáky, člověka a hlodavce. Součástí práce bude také systematické utřídění poznatků o funkci jednotlivých komponent inflamazomu a vymezení ortologie a paralogie genů ve fylogenetickém stromě. Práce směřuje k pochopení molekulární evoluce pro regulaci imunitní odpovědi, což může mít velký význam pro rozvoj terapeutických přístupů k zánětlivým onemocněním. Možností je navazující magisterská diplomová práce na příbuzné téma.

Téma: Antimikrobiální peptidy u ptáků
(Antimicrobial peptides in birds)

Geny kódující molekuly zúčastněné v imunitě patří mezi vůbec nejvariabilnější geny v genomech živočichů. Populační polymorfismus zde nacházíme prakticky všude. Jednou z významných složek imunity jsou také antimikrobiální peptidy zajišťující konstitutivní i indukovanou humorální ochranu jedince proti infekčním chorobám. Co nyní víme o genech pro antimikrobiální peptidy u ptáků? Jaká je jejich vnitrodruhová genetická variabilita a jak jsou tyto geny exprimovány? Jaký vztah mají tyto molekuly k jiným složkám imunity a jak variabilní jsou ve fylogenezi? Na tyto a další související otázky by měla odpovědět tato bakalářská práce. Problematika by měla být diskutována nejen s ohledem na veterinárně-medicínský význam, ale především se zřetelem na evoluční příčiny a důsledky existence nekonzervativního genetického polymorfismu v imunitních genech u ptáků. Po dohodě může být nastíněné téma přizpůsobeno konkrétním zájmům uchazeče. Možností je navazující magisterská diplomová práce na příbuzné téma.

Téma: Patogenní bakterie papoušků
(Pathogenic bacteria of parrots)

Papoušci jsou nejčastěji chovanými ptáky v domácnostech lidí. Jsou však také častými pacienty veterinárních lékařů, neboť mohou trpět mnoha infekčními nemocemi, projevovat poruchy trávení, chování nebo metabolismu. Střevní trakt papoušků je osídlen mnoha druhy bakterií. Některé z nich patří mezi známé patogeny, jejichž vliv na zdravotní stav je dobře známý, o mnoha dalších toho ale příliš nevíme. Cílem práce je vytvořit co nejširší přehled druhů bakterií, u kterých byla pozorována patogenicita pro papoušky, stručně popsat jejich působení, a případně hostitelskou specificitu (pokud je známá). Smyslem této práce je tak připravit vědomostní základ pro cílený výzkum patologických efektů vybraných bakteriálních druhů a evolučních přechodů mezi patogeny a komenzály u této skupiny ptačích hostitelů.

Téma: Rozdíly v působení jednotlivých druhů laktobacilů na zdravotní stav hostitele
(Differences in effects of individual Lactobacillus species on host health)

Laktobacily patří mezi bakterie nejčastěji používané v probioticích pro lidi, domácí i hospodářská zvířata. Bylo jich popsáno přes 200 druhů, z čehož probiotický potenciál byl testován u několika desítek z nich. Jednotlivé druhy se však mohou lišit ve svých účincích a mechanismech působení. Produkce kyseliny mléčné omezuje růst různých patogenních bakterií a ovlivňuje celkové složení mikrobioty. U některých druhů je předpokládána i přímá imunomodulační funkce. Cílem této práce je proto shrnout dosavadní poznatky o účincích laktobacilů s probiotickým potenciálem a porovnat mechanismy působení jednotlivých druhů. Práce přispěje k dalšímu cílenému výzkumu diverzity laktobacilů u obratlovců a pochopení jejich evoluční interakce s hostiteli.

Research and business partners

We are open to a wide spectrum of collaboration with partners from the academic sphere as well as from the applied research, industry, and state and non-profit organisations.

Offers

Expertise in the field of evolutionary adaptations in vertebrate immunity
Highly qualified and enthusiastic human resources
Genetic, bioinformatic and immunological analyses of biological data and samples
Experience with animal field research

Requirements

Access to publicly relevant host-pathogen systems
New complementary technologies
Access to animals or biological samples
Novel methods in genetics, bioinformatics, cell and tissue culturing, immunophenotype detection and health monitoring