Laboratoř Zobrazovacích Metod Viničná (VMCF)

Přírodovědecká Fakulta, Karlova Univerzita

Analýza dat

BioImage Analýza ve Laboratoři Zobrazovacích Metod Viničná

🚀 O nás

Vítejte v Laboratoři mikroskopie Viničná! Jsme otevřený zdroj specializující se na pokročilou mikroskopii a analýzu biozobrazení. Jako součást Laboratoře konfokální a fluorescenční mikroskopie nabízíme širokou škálu služeb, včetně špičkových zobrazovacích technologií a odborné analytické podpory, abychom splnili vaše výzkumné potřeby.

Naše poslání: Nabízet konzistentní, vysoce kvalitní služby mikroskopie a analýzy biozobrazení, které umožní reprodukovatelný a efektivní vědecký výzkum.

🤝 Co nabízíme

Consultations
Konzultace		 Services
Služby		 Teaching
VÝUKA
• Příprava vzorku
• Zobrazovací techniky
• Analýza bioimagingových dat		 • Pokročilé zobrazování
• Analýza bioimagingových dat
• Přístup k softwaru a infrastruktuře
• Školení uživatelů		 • Personalizovaný trénink
• Workshopy a skupinové kurzy

💡Konzultace v oblasti analýzy bioimagingových snímků

Naše poradenská služba pro analýzu obrazu poskytuje personalizovanou podporu, která vám pomůže optimalizovat a orientovat se v pracovních postupech analýzy bioimagingových dat. Ať už zavádíte nové procesy nebo zdokonalujete ty stávající, jsme tu, abychom vám pomohli v každém kroku.

Domluvit schůzku

  • RezervaceNaplánujte si osobní nebo online schůzku výběrem termínu Calendly nebo nám zasláním e-mailu se stručným popisem vašeho dotazu. To nám pomůže efektivně se na vaši schůzku připravit.

    Připravte se na schůzku

  • Nezbytná přípravaVyberte dva (ne více❗) vzorové obrázky, ideálně otevřené ve FIJI, abychom si mohli během schůzky podrobně prohlédnout nezpracovaná data. Vyberte obrázky, které reprezentují rozsah jevů, které zkoumáte (např. pozitivní a negativní kontroly).
  • (Volitelné) Sdílení datSdílení minimální sady vzorových dat předem může být velmi užitečné. Podrobnosti o přípravě dat naleznete v níže uvedené části „Příprava obrazových dat“.
  • (Volitelné) PrezentacePokud je to možné, připravte si krátkou prezentaci na následující témata:
    • Vědecké pozadíPřehled projektu.
    • Příprava vzorku a pořízení obrazuPodrobnosti o vzorku, metodách barvení a použité mikroskopii.
    • Ukázkové obrázkyV ideálním případě poskytněte ošetřené a neošetřené snímky, které ukazují jasný rozdíl. Pokud to není relevantní, ukažte řadu snímků pro ilustraci variability dat.
    • Technické detailyUpřesněte konkrétní čísla, která chcete měřit, objem dat (např. 10, 100, 1 000 obrázků), velikosti obrázků, preferovaný software a jakékoli předběžné pokusy o analýzu.

Nestresujte se, pokud si nejste jisti, co si přinést, prostě přijďte k nám, pomůžeme vám 😊

Příprava obrazových dat

  • Uspořádejte si svá dataVyberte minimální sadu reprezentativních obrázků, které jasně ukazují biologicky relevantní rozdíly.
  • Navrhovaná struktura složek: 
    
minimal-example-data/
├── condition01/
│   └── condition01_image01.tif
├── condition02/
│   └── condition02_image01.tif
└── README.txt
## 🖥️ Služba analýzy bioimagingových dat 
Naše zařízení nabízí širokou škálu služeb s otevřeným přístupem, které jsou navrženy tak, aby splňovaly jedinečné požadavky vašich projektů bioimagingových dat. Ať už potřebujete pomoc s analýzou obrazu, nastavením pracovního postupu nebo vývojem vlastních nástrojů, náš tým je tu, aby vám pomohl.

Poskytujeme odborné konzultace a školení a dokážeme vyvinout pracovní postupy pro analýzu obrazu na míru, které budou vyhovovat vašim specifickým vědeckým cílům. Naše infrastruktura, vybavená nejmodernějšími pracovními stanicemi, vysoce výkonnými počítači a řadou nástrojů pro analýzu bioobrazů, umožňuje vzdálený přístup a bezproblémovou manipulaci s daty odkudkoli.

V souladu s principy otevřené vědy se řídíme pokyny FAIR a zajišťujeme, aby naše služby a řešení podporovaly transparentnost, dostupnost a opětovnou použitelnost dat.

  • Konzultace:

    • Získejte pomoc s výběrem správného softwaru, pluginů a nástrojů pro vaše úkoly.
    • Najděte zdroje a získejte rady ohledně interpretace výsledků nebo zlepšení vašich pracovních postupů.
    • Časový rámecNěkolik hodin až několik dní (v závislosti na dostupnosti; rezervace v našem kalendáři).

  • Nastavení pracovního postupu:

    • Navrhněte a nastavte analytické pracovní postupy přizpůsobené vašim potřebám.
    • Můžeme vám pomoci s nastavením softwaru, testováním a spouštěním kódu z publikovaných článků s využitím vašich dat.
    • Časový rámecNěkolik dní až několik týdnů.

  • Párové programování pro vývoj nástrojů:

    • Spolupracujte s námi na vývoji, zdokonalování nebo vylepšování nástrojů pro analýzu bioimagingových dat prostřednictvím společného programování.
    • Časový rámecObvykle to trvá několik týdnů až měsíců, v závislosti na projektu.

  • Provádění pracovního postupu:

    • Můžeme pro vás spustit analytické pracovní postupy na našem serveru, který obsahuje jak open-source, tak komerční nástroje pro analýzu bioimage.
    • Časový rámecLiší se v závislosti na složitosti pracovního postupu.

Pokud si nejste jisti, kde začít, doporučujeme domluvit si krátkou konzultaci, kde probereme vaše potřeby a určíme nejlepší přístup.

Pokyny pro zdravou spolupráci

Pro zajištění hladkého a produktivního partnerství prosím zvažte následující pokyny při publikování výsledků naší spolupráce:

  • PotvrzeníVeškeré publikace vzniklé na základě použití našich nástrojů nebo služeb by měly obsahovat zmínku o daném zařízení.
  • AutorstvíPokud člen týmu poskytl významný intelektuální vklad nebo přispěl dalšími daty (např. skripty, softwarem nebo numerickými výsledky), měl by být jmenovitě uveden nebo zvážen ke spoluautorství.
    • SpoluautorstvíRozhodnutí o spoluautorství by měla být učiněna během fáze přípravy rukopisu. Spoluautoři si vyhrazují právo před odesláním zkontrolovat jakýkoli rukopis obsahující výsledky generované daným zařízením.
    • PříspěvkyKaždý autor by měl k práci podstatně přispět, schválit finální verzi a souhlasit s tím, že bude odpovědný za své příspěvky, aby byla zajištěna přesnost a integrita výzkumu.
    • PřidruženíPrimární afiliace každého autora by měla být instituce, kde byla většina jeho práce provedena. Pokud se autor od té doby přestěhoval, může být uvedena i jeho současná adresa.

💻 Dostupný software

Ikona Software Ikona Software
ZEISS Arivis Pro ZEISS Arivis Pro ZEISS ZEN ZEISS ZEN
SVI Huygens Professional SVI Huygens Professional NIS Elements NIS Elements
SPCImage FLIM analysis Analýza SPCImage FLIM BIOP-Desktop BIOP-Desktop
ImageJ/FIJI ImageJ/FIJI Napari Napari
Cellpose Cellpose Ilastik Ilastik
QuPath QuPath a další…

⌨️ Pracovní stanice

Plánujeme zřídit 3 nová pracovní místa, která budou přístupná prostřednictvím rezervačního systému.

⚡Vysokoúčelová výpočetní infrastruktura

V současné době je možné používat server Mazlik na místě, od použití BIOP-Desktop přes Služba metacentra na vyžádání.

💾 Ukládání dat

Seznamte se prosím s našimi Pokyny pro správu dat a Pokyny pro ukládání dat.

🔬 Pokročilé zobrazování – dostupné vybavení pro světelnou mikroskopii

V našem hlavním zařízení nabízíme pokročilé mikroskopické techniky, včetně zobrazování s vysokým rozlišením, konfokálního a vysoce výkonného zobrazování. Náš tým je tu, aby vám pomohl s výběrem nejlepších nástrojů a doladěním vašich pracovních postupů, abyste z vašich vzorků získali co nejcennější poznatky.

📖 Trénink

Naše hlavní pracoviště nabízí řadu možností školení, které jsou přizpůsobeny jedinečným potřebám našich uživatelů. Ať už jste zkušený mikroskopista, který chce zlepšit svůj pracovní postup, nebo jen začátečník, máme kurzy a workshopy speciálně navržené pro vás.

Individuální tréninky

  • Uživatelsky definované tréninkové lekce
  • Návod: BIOP-Desktop v Metacentrum OnDemand
  • Návod: Jupyter Hub

Kurzy a semináře

Naše kurzy, semináře a workshopy jsou navrženy tak, aby poskytly hluboké pochopení analýzy bioimagingových dat se zaměřením na praktické aplikace pro interpretaci mikroskopických dat.

Můžete si ověřit příslušnou univerzitní úroveň třídy a workshopy se účastníme.

👨‍💻 Náš tým

Můžete najít vyhrazenou stránku pro kontakty zde.

💲Ceník (bez DPH)

Centrální ceník je k dispozici zde.

📩 Kontakt

Najdete nás na adrese:
Laboratoř Zobrazovacích Metod Viničná
Přírodovědecká fakulta (Univerzita Karlova)
Viničná 7
128 44 Praha 2
Česká Republika

V případě jakýchkoli dotazů nebo pro domluvení konzultace nás prosím kontaktujte prostřednictvím následujících kontaktů:

🔗 Více informací a nejnovější zprávy