Heterozygotnosti, IM, hybridní zóny
Výpočet heterozygotností a dalších statistik pro odhad inbreedingu
Využít lze například:
GENHET http://s347624847.onlinehome.fr/research/ac-computer-programs.html
genotypy
názvy lokusů
nebo
InbreedR (pro R) https://cran.r-project.org/web/packages/inbreedR/vignettes/inbreedR_step_by_step.html
Isolation with migration
Odhadněte míru izolace, směr toku genů, dobu divergence a efektivní populační velkosti dvou částečně izolovaných populací.
Využijeme program IMa ze stránky:
https://bio.cst.temple.edu/~hey/software#im-div
Vstupní soubor zde
Příklad programového řádku pro spuštění programu:
ima -i inputPavel.txt -o output.txt -q1 10 -m1 10 -m2 10 -t 10 -b 1000000 -L100000 -p 45 (jeden řetězec)
ima -i inputPavel.txt -o output1.txt -q1 10 -q2 200 -m1 1 -m2 1 -t 10 -b 1000000 -L100000 -p 45 -n 10 -f g -g1 (více řetězců)
Výstupní soubor zde
IM2
Příklad programového řádku:
IMa2 -i mtInput.txt -o trialrun.out -q 80 -m 8 -t 5 -b 100000 -l 50000 -hfg -hn 20 -ha 0.96 -hb 0.9 -d 20
Vzor vstupního souboru pro sekvence a pro mikrosatelity
DIYABC
Pomocí DIYABC srovnejte scénáře vzniku populací.
Hybridní zóny
HIest, Introgress, hzar fungují v R (je tedy třeba nalézt a instalovat přímo v R)
Introgress
Výpočet genomické kliny.
Postup:
Lze použít program introgress, který funguje v prostředí R.
Návody a citace najdeme zde:
http://cran.r-project.org/web/
http://www.uwyo.edu/buerkle/
Ukázková data:
HIest
Bartonovské konkordance
http://cran.r-project.org/web/packages/HIest/HIest.pdf
příklad:
data(Bluestone)
BS.fit <- Cline.fit(Bluestone[,1:12],model=c("logit.logistic","Barton"))
Cline.plot(BS.fit)
hzar - konstrukce geografické kliny
https://cran.r-project.org/web/packages/hzar/hzar.pdf
ukázkový krátký skript
podrobný delší skript