Praktikum k přednášce Molekulární ekologie
DIYABC
Úloha*:
DIYABC http://www1.montpellier.inra.fr/CBGP/diyabc/
Pomocí DIYABC srovnejte scénáře vzniku populací.
DIYABC http://www1.montpellier.inra.fr/CBGP/diyabc/
data
scénáře
Hybridní zóny
Geneland, HIest, Introgress, hzar fungují v R (je tedy třeba nalézt a instalovat přímo v R)
poznámky
Introgress
Úloha*:
Vypočtěte genomické kliny.
Postup:
Lze použít program introgress, který funguje v prostředí R.
Návody a citace najdeme zde:
http://cran.r-project.org/web/packages/introgress/ http://www.uwyo.edu/buerkle/introgress.pdf software/introgress/
Ukázková data:
genotypy
popis lokusů
script
HIest
http://cran.r-project.org/web/packages/HIest/HIest.pdf
příklad:
data(Bluestone)
BS.fit <- Cline.fit(Bluestone[,1:12],model=c("logit.logistic","Barton"))
Cline.plot(BS.fit)
hzar - konstrukce geografické kliny
https://cran.r-project.org/web/packages/hzar/hzar.pdf
ukázkový krátký skript
podrobný delší skript
článek