Research and business partners
We are open to a wide spectrum of collaboration with partners from the academic sphere as well as from the applied research, industry, and state and non-profit organisations.
Offers
- Expertise in the field of evolutionary adaptations in vertebrate immunity
- Highly qualified and enthusiastic human resources
- Genetic, bioinformatic and immunological analyses of biological data and samples
- Experience with animal field research
Requirements
- Access to publicly relevant host-pathogen systems
- New complementary technologies
- Access to animals or biological samples
- Novel methods in genetics, bioinformatics, cell and tissue culturing, immunophenotype detection and health monitoring
Offers for students
We welcome all motivated students who wish to learn more about evolutionary and ecological immunology and immunogenetics. For Bc and MSc students there are no particular entrance requirements with respect to knowledge or skills. We, however, demand personal diligence.
Do your bachelor thesis in our team!
(Deposition of extraneous non-degradable matters in the bodies of free-living birds)
Lidská činnost přináší výrazné změny životního prostředí mnoha druhů volně žijících živočichů, včetně ptáků. Do ovzduší, vody i půdy se díky ní dostávají nejrůznější organické i anorganické látky, které se mohou v tělech živočichů ukládat a ovlivňovat tak rozmanité fyziologické procesy, od metabolismu počínaje po reprodukci a funkci imunitního systému konče. Tak je tomu nejen v případě těžkých kovů (např. olova či kadmia), ale také perzistentních organických polutantů (např. organické pesticidy nebo polychlorované bifenyly). Jaký mají právě tyto látky vliv na zdraví zasažených ekosystémů a jak moc mohou ovlivnit naše vlastní zdraví a komfort? To je zcela zásadní otázka, na kterou musíme nalézt odpověď co nejdříve. Ekotoxikologický výzkum je ale značně limitován informacemi o výskytu různých kontaminant v tělech volně žijících živočichů, které je náročné (na rozdíl od půdy, vody či rostlin) vzorkovat. Tato bakalářská práce si proto klade za cíl vytvořit přehled o diverzitě perzistentních kontaminant popsaných v těle ptáků, kteří představují vhodnou modelovou (případně indikátorovou) skupinu volně žijících živočichů. Práce by se také měla dotknout efektu těchto látek na fyziologii zvířat a geografického aspektu distribuce těchto látek v prostředí. Možností je navazující magisterská diplomová práce na příbuzné téma.
(Effects of microbiota composition on emergence of depressions and behavioural syndromes in animals)
Neurobiologické studie u savců ukázaly, že aktivita mozku je ovlivňována funkcí imunity, která je v interakci s mikrobiálními organismy v různých částech těla (gastrointestinální trakt, dýchací soustava). Jaký vliv tedy má složení mikrobioty na chování, učení, paměť nebo třeba nálady? Ačkoliv by se mohlo zdát, že podobné vztahy budou specifické pro člověka, který má podle našeho vlastního soudu nejlepší mentální schopnosti, v různé míře se podobné vztahy projevují i u ostatních živočichů. Pochopení diverzity vztahu mezi mikrobiotou a neurální aktivitou by nám přitom mohlo nejen pomoci zlepšit zdravotní stav člověkem chovaných zvířat, ale možná také odhalit nové terapeutické prostředky pro léčbu lidských psychických poruch. Tato bakalářská práce si proto klade za cíl popsat známé efekty složení mikrobioty na neurální funkce u člověka a jiných živočichů. Není v žádném případě cílem poskytnout úplný přehled existujících prací, ale spíše popsat šíři popsaných efektů. Práce by se měla zaměřit jak na korelativní vztahy, tak i na manipulativní experimenty a měla by poskytnout metodologické vodítko pro další výzkum zejména v oblasti depresivních poruch. Možností je navazující magisterská diplomová práce na příbuzné téma.
(Hormonal regulation of inflammatory immune response in birds)
Někteří ptáci (např. pěvci nebo papoušci) jsou vynikajícími modelovými druhy pro výzkum fyziologických efektů na imunitu, protože s člověkem překvapivě sdílí celou řadu společných vlastností – jsou dlouhověcí, inteligentní, aktivní ve dne, a někteří dokonce obývají lidská obydlí v těsném kontaktu s lidmi. Přesto o regulaci ptačí imunity víme ve srovnání se savci jen poměrně málo, a i to málo co víme, se týká spíše drůbeže než druhů, které běžně doma chováme a se kterými si můžeme denně vyměňovat část potenciálních patogenů. Tato bakalářská práce se zaměřuje na hormonální regulaci ptačí imunity a klade si za cíl popsat šíři známé evidence pro efekty různých endokrinních regulátorů imunity popsané na různých ptačích modelech. Práce by se měla spíše v obecnější rovině zaměřit na všechny studované typy hormonů a přinést příklady jak korelativních vztahů, tak i manipulativních experimentů. Možností je navazující magisterská diplomová práce na příbuzné téma.
(Inflammasome gene diversity evolution in vertebrates)
Inflamazóm je proteinový komplex aktivující nejrůznější prozánětlivé procesy a programovanou buněčnou smrt. Jeho exprese v myeloidních buňkách podmiňuje správnou funkci vrozené imunity. Stávající genomická data naznačují, že má u různých skupin obratlovců odlišné složení, což by mohlo mít zásadní vliv také na jeho funkci a tím také regulaci základních cyklů imunitních buněk. Jaké jsou ale experimentální důkazy pro odlišné složení inflamazómu u různých taxonů? Existují data o odlišném efektu aktivace inflamazómu na buněčnou signalizaci u různých druhů? Tato bakalářská práce si klade za cíl zrevidovat literaturu popisující složení inflamazómu u různých druhů obratlovců a zejména porovnat informace dostupné pro ptáky, člověka a hlodavce. Součástí práce bude také systematické utřídění poznatků o funkci jednotlivých komponent inflamazomu a vymezení ortologie a paralogie genů ve fylogenetickém stromě. Práce směřuje k pochopení molekulární evoluce pro regulaci imunitní odpovědi, což může mít velký význam pro rozvoj terapeutických přístupů k zánětlivým onemocněním. Možností je navazující magisterská diplomová práce na příbuzné téma.
(Antimicrobial peptides in birds)
Geny kódující molekuly zúčastněné v imunitě patří mezi vůbec nejvariabilnější geny v genomech živočichů. Populační polymorfismus zde nacházíme prakticky všude. Jednou z významných složek imunity jsou také antimikrobiální peptidy zajišťující konstitutivní i indukovanou humorální ochranu jedince proti infekčním chorobám. Co nyní víme o genech pro antimikrobiální peptidy u ptáků? Jaká je jejich vnitrodruhová genetická variabilita a jak jsou tyto geny exprimovány? Jaký vztah mají tyto molekuly k jiným složkám imunity a jak variabilní jsou ve fylogenezi? Na tyto a další související otázky by měla odpovědět tato bakalářská práce. Problematika by měla být diskutována nejen s ohledem na veterinárně-medicínský význam, ale především se zřetelem na evoluční příčiny a důsledky existence nekonzervativního genetického polymorfismu v imunitních genech u ptáků. Po dohodě může být nastíněné téma přizpůsobeno konkrétním zájmům uchazeče. Možností je navazující magisterská diplomová práce na příbuzné téma.
We also offer the Bachelor+ fellowships:
(Haematology – gate into cell biology in non-model organisms)
Hematologická analýza patří mezi základní nástroje popisu zdravotního stavu, které jsou často univerzálně použitelné napříč širokou škálou různých druhů. Stanovení buněčného složení krve nám umožňuje nahlédnout do regulace imunitní nebo stresové odpovědi, což může přinést jednoduché vstupní informace pro další výzkum. Analýzu však lze dále zesložitit a zaměřit se na některé méně často stanovované znaky, jejich potenciál pro vysvětlení fyziologického stavu organismu nemusí být dosud plně pochopen. Právě tímto směrem se může ubírat tento projekt…
(Gene expression during neurological inflammation in birds)
Rozmanitost funkčních odpovědí na mezidruhové i vnitrodruhové úrovni determinují nejen strukturní změny, ale také (a možná především) míra genové exprese. Ta je závislá na genetické variabilitě modulované nejrůznějšími ekologickými faktory, mezi které patří také interakce hostitele a jeho symbiotické mikrobioty. Do jaké míry mají ale tyto interakce efekt na myšlení a chování zvířat? Co se děje v mozku, když dojde k narušení imunologické regulace? Věděli jste, že někteří ptáci mohou být pro studium podobných otázek zajímavějšími modely než mnozí savci?
(Adaptive evolution in immune genes – how to approach it?)
Adaptace je základní evoluční mechanismus směřující k přizpůsobení populace selekčním tlakům. Poznat adaptace na molekulární úrovni ale není vůbec jednoduché – s ohledem na množství variability v genomech organismů se jedná o příslovečné hledání jehly v kupce sena. Přesto existují postupy jak predikovat adaptivní změny v genech či celých genomech. Ty pak mohou sloužit jako důležitý nástroj pro predikce rozdílů ve funkci genů, které mohou najít své uplatnění v biomedicínském výzkumu. Aplikovaná evoluční biologie?