Tak jako v každém přírodovědném oboru vyvstala i v mineralogii nutnost uspořádat jednotlivé druhy nerostů do přehledného systému, i když tři tisíce známých minerálů není ve srovnání např. s desítkami tisíc druhů v biologii nijak velké množství. Ukázalo se, že bude účelné třídit nerosty podle jejich chemického složení a vnitřní stavby. Tento přehledný třídicí princip najdeme téměř v každé sbírce minerálů. Základní systematické jednotky jsou třídy (9), skupiny, minerální druhy a jejich odrůdy. Počty minerálních druhů v jednotlivých třídách jsou různé. Druhově nejbohatší jsou křemičitany, dále následují fosfáty a po nich sulfidy. Druhově nejchudší jsou organické minerály a prvky.

Třídy:

I.  Prvky
II.  Sulfidy (sirníky)
III.  Halogenidy
IV.  Oxidy a hydroxidy
V.  Uhličitany
VI.  Sírany
VII.  Fosforečnany
VIII.  Křemičitany
IX.  Organické minerály

Přírodní skla   (nepatří do mineralogického systému)

I.  Prvky

V přírodě existuje přes 20 minerálů tvořených samostatnými prvky. Dělí se na kovy: měď (Cu), stříbro (Ag), zlato (Au), železo (Fe), platina (Pt) a nekovy: uhlík (C), síra (S).
Ryzí kovy jsou v přírodě nápadné barvou, vysokou hustotou, mají kovový lesk a jsou ohebné a kujné. Často jsou dobrými vodiči elektrického proudu.

Minerály: diamant, grafit (tuha), měď, síra, stříbro, zlato.
 

II.  Sulfidy (sirníky)

Sulfidy jsou soli kyseliny sirovodíkové (H₂S).Slučují se jeden nebo dva atomy kovu s jedním nebo několika atomy síry. Sulfidy tvoří důležité rudy všech kovů. Mají většinou kovový lesk a vyšší hustotu.
Vznikly většinou z horkých roztoků. Často tvoří rudní žíly a poměrně snadno se rozkládají. Od ryzích kovů se liší hlavně křehkostí.

Minerály: antimonit, cinabarit (rumělka), galenit, chalkopyrit, markazit, pyrit, sfalerit.
 

III.  Halogenidy

Halogenidy jsou sloučeniny fluoru (F), chloru (Cl), bromu (Br) a jodu (J). Hlavními zástupci je halit - sůl kamenná (NaCl) a fluorit (CaF₂). Halogenidy mají velmi podobné vlastnosti: mají slanou nebo hořkou chuť, většinou jsou dobře rozpustné ve vodě a jejich vodné roztoky vedou velmi dobře elektrický proud. Také mají vysokou teplotu tání, nemají kovový vzhled a mají dokonalou štěpnost.
Halogenidy se nacházejí v rozpuštěném stavu v mořské vodě. Během geologického vývoje Země byly často celé mořské zálivy odděleny od moře a vznikly laguny, které postupně vysychaly. Tak vznikla obrovská solná ložiska. Fluorit vzniká také z horkých roztoků a nacházíme ho na rudních žilách.

Minerály: fluorit, halit (sůl kamenná).
 

IV.  Oxidy a hydroxidy

Oxidy jsou sloučeniny kyslíku. Patří sem minerály navzájem odlišné vlastnostmi i způsobem vzniku a výskytu. Mezi nejhojnější a nejvýznamnější patří křemen (SiO₂), hematit (Fe₂O₃) a korund (Al₂O₃). Mnoho z nich je důležitými rudami železa a cínu. Další jsou ceněné drahokamy (rubín a safír). V přírodě vznikají vylučováním z tavenin i roztoků. Často vznikají okysličením při rozkladu nerostů a při větrání hornin (limonit, opál).

Minerály: hematit, kasiterit (cínovec), korund, křemen, limonit, magnetit, opál, rutil, uraninit.
 

V.  Uhličitany

Uhličitany jsou soli kyseliny uhličité. Mají výrazně nekovový vzhled. Nejdůležitější je kalcit, který má velké rozšíření a vyskytuje se také jako hornina (vápenec, mramor). Uhličitany jsou poměrně lehké a mají většinou světlé barvy, jen výjimečně jsou výrazně barevné (malachit a azurit). Zředěnými kyselinami se snadno rozkládají. Při reakci se uvolňuje oxid uhličitý (CO₂). Uhličitany vznikají vylučováním z chladných i horkých roztoků (najdeme je na rudních žilách).

Minerály: aragonit, azurit, kalcit, magnezit, malachit, siderit.
 

VI.  Sírany

Sírany jsou soli kyseliny sírové. Jejich hlavními zástupci jsou sádrovec (CaSO₄*2H₂O), baryt (BaSO₄), a modrá skalice (CuSO₄*5H₂O). Bývají obvykle světlé, průhledné nebo průsvitné a poměrně měkké.
Minerály této třídy jsou v naprosté většině případů produkty zvětrávání. Méně stabilní sírany se nacházejí v železném klobouku sulfidických ložisek. Další sírany jsou usazeniny moří nebo jezer. V pouštích krystalují sírany ze vzlínající podzemní vody poblíž zemského povrchu a tvoří tak známé pouštní růže ze sádrovce. Výjimku tvoří baryt. Ten se vyskytuje na rudních žilách.

Minerály: baryt, chalkantit (modrá skalice), sádrovec.
 

VII.  Fosforečnany

Fosforečnany jsou soli kyseliny fosforečné. Jejich hlavním zástupcem je apatit. Apatit a několik dalších minerálů fosforu je magmatického původu. Po zvětrání nerostů s obsahem fosforu v půdě, se fosfor dostává do rostlin a s nimi pak do koster, zubů a výkalů obratlovců. Na korálových ostrovech v Tichém oceánu jsou významné usazeniny guana (trusu mořských ptáků s velkým obsahem fosforu).

Minerály: apatit.
 

VIII.  Křemičitany

Křemičitany neboli silikáty jsou sloučeniny oxidu křemičitého (SiO₂). Tyto minerály jsou největší třídou nerostů a jsou také nejdůležitější součástí zemské kůry. Jsou také součástí kamenných meteoritů. Důležité křemičitany jsou živce, slídy, granáty, amfiboly a pyroxeny (tedy téměř všechny horninotvorné nerosty). V přírodě jsou hojné a rozšířené, především jako součásti hornin. Křemičitany mohou mít velmi komplikované složení a strukturu. Mají rozmanité vlastnosti, nekovový vzhled, jsou zbarvené a v tenkých lupíncích průhledné. Většinou jsou lehké, tvrdé (výjimka je mastek) a těžko tavitelné. V kyselinách se rozkládají málo nebo vůbec. Vznikají z magmatu a z horkých nerostů nebo také zvětráváním jiných křemičitanů (kaolinit).

Minerály: albit, amfibol, augit, beryl, biotit (tmavá slída), epidot, granát, kaolinit, mastek, muskovit (světlá slída), olivín, ortoklas, staurolit, topaz, turmalín.
 

IX.  Organické minerály

Liší se ode všech předcházejících tříd původem, protože vznikly rozkladem organismů. Nejznámějším zástupcem je jantar, který vznikl zkameněním pryskyřic třetihorníc stromů.

Minerály: jantar.
 

Přírodní skla  (nepatří do mineralogického systému)

Přírodní látky sklovité povahy, které nemají jednotné chemické složení. Nejznámější z nich jsou tektity - skla spojovaná s kosmickými tělesy. České tektity se nazývají vltavíny, podle řeky Vltavy, v jejímž povodí se nalézá většina jejich lokalit.

Minerály: vltavín.