|
Molekulární ekologie Starší verze |
|
|
verse 2021 |
|
|
1.
Úvod
Nahraná přednáška (až od třetího obrázku) |
molekulární techniky, klonování, PCR,
fragmentační analýza, mikrosatelity, sekvenování, Next generation sequencing,
pyrosekvenování, fosilní DNA článek1 článek2 článek3 o "Next generation sequencing", článek o fosilní mtDNA, článek o lidské paleogenomice, článek o fosilní lidské mtDNA linii, článek o next-gen přístupu k musejním vzorkům, článek o analýze kolagenu vymřelých jihoamerických kopytníků, článek o křížení lidských linií, článek o SMRT sekvenování, článek o archaické DNA mamutů a hybridní speciaci, článek o archaických proteinech z pštrosího vejce video o NGS Illumina, video o nanoporovém sekvenování, video o SMRT sekvenování |
|
2.
Barcoding
Nahraná přednáška (zase se nepovedlo úplně od začátku) |
DNA barcoding, určení vzorku do druhu,
molekulární určování složek potravy a parazitů, metagenomika, výpočet distancí,
K2P, nukleární přenosy mtDNA, jaderné pseudogeny mtDNA genů, introgrese
při invazi, molekulární určení hranic druhů kritické články o DNA barcodingu článek1 článek2, článek o analýze potravy z trusu, článek o microbiomu vlaštovek, review o určení hranice (delimitaci) druhů pomocí genetických metod a článek na toto téma, článek o delimitaci druhů afrických myší, článek o problémech delimitace druhů, článek o numts, článek o vlastnostech mtDNA, články o introgresi: článek1, článek2 |
|
3.
Paternita Nahraná přednáška (od začátku!) :) |
určení rodičů, nutný počet lokusů, detekce partenogeneze a samooplození,
metody, nulové alely, mutace, parental reconstruction, vzdálenější příbuznost,
sestry, bratři, sestřenice, příbuzenský koeficient r článek o metodách určení rodičů, článek2 o přesnosti některých metod, příklad paternitní studie, příklad s využitím neinvazivních metod, článek o analýze paternity vrzouna s použitím "genotyping by sequencing", výpočet r, review (2019) o SNPs a programech pro paternitu |
|
4.
Identifikace Nahraná přednáška |
molekulární identifikace jedince a pohlaví, chimérismus, klonalita, typy
partenogeneze, gynandromorfismus, census a effective population size článek1 a článek2 kde jsou typy partenogeneze, review o výpočtu Nc a Ne z genetických dat, článek o LD a efektivní velikosti populace, review1 a review2 review3 (2016) genetických metod odhadu Ne, určení pohlaví u plazů, odhad r u kosmanů, podivnosti pohlavních chromosomů u hrabošů a příbuzných Pěkné video s prof. J. Černým o mikrochimérismu |
|
5.
Indreeding nahraná přednáška |
heterozygotnost, IR, d2, mutační modely mikrosatelitů, vliv
jednotlivých lokusů versus celogenomový efekt heterozygotnost: článek1 článek2 článek3 článek3 pěkně vysvětluje řadu užitečných pojmů. ... a ještě optimistický článek... a článek hezky ilustrující zapeklitosti interpretací |
|
6.
Populace I nahraná přednáška |
Změny
frekvencí alel, vliv driftu, mutací a migrace, Wahlundův princip, FST,
GST, RST, D, G'ST,
G''ST, AMOVA, Isolation by distance obecnější článek o FST, pěkné review o FST a alternativách |
|
7.
Populace II nahraná přednáška |
Model-based clustering, landscape genetics, ABC hezký příklad analýzy populační struktury (včetně DIY ABC), příklad analýzy populační struktury na velkých datech u lidí |
|
8.
Fylogeografie I nahraná přednáška |
koalescence,
fylogeografie, genealogické
konkordance, vytoužené a skutečné vlastnosti oblíbeného
markeru - mtDNA, biparentální dědičnost,
rekombinace, konstantní mutační rychlost článek o surfingu, příklad na surfing (korálovci), review o vlastnostech mtDNA, již jednou zmíněný článek o vlastnostech mtDNA, články o mutační rychlosti mtDNA u ptáků a savců |
|
9.
Fylogeografie II nahraná přednáška |
mismatch
distribution,detekce demografických událostí, skyline plot, koalescenční
teorie a její využití pro odhad populačních parametrů, vlastnosti
refugií, ukazatele diversity, NCA versus testování hypotéz, koalescence
a migrace, model isolation with migration článek o programech založených na koalescenční teorii, příklad na isolation with migration (štěnice), článek o skyline plotech, článek o použití PSCM metody na odhad Ne v minulosti u lejsků, review o rekonstrukci demografických událostí z genomických dat |
|
10.
Hybridizace nahraná přednáška |
introgresivní hybridizace, asymetrická
hybridizace, hybridní roje, cytonukleární nerovnováha, hybridní zóny,
Bounded hybrid superiority model, tenzní zóny, analýza klinálních
hybridních zón článek s popisem konstrukce klasických klin, článek o HZAR na konstrukci geografické kliny, článek1, článek2 (introgress) článek3 (HIest) o genomických klinách, článek o konkordanci a využití programu Geneland v hybridní zóně, článek o analýze introgrese na velkých datech u medvědů využívající D-statistiku (ABBA and BABA sites), hybridní zóna vran, neandrtálci v našem genomu |
|
11.
Selekce nahraná přednáška |
sledování kandidátních genů, evidence pozitivní
selekce, Ka/Ks a jiné testy, selekce a koalescence, MHC, reprodukční proteiny, -omics přístupy, detekce selekce na úrovni genomů,
příklady recentních selekčních událostí, sledování exprese pomocí Real Time PCR, microarrays a
next generation sequencing, proteomické přístupy článek o detekci selekce na úrovni celých genomů, proteomický článek, popularizační (ale parádní) článek o adaptivní fylogeografii |
| verse 2020 s povídáním | Pro zvuk je potřeba to stáhnout a otevřít v Powerpointu. |
| 5. Inbreeding |
heterozygotnost, IR, d2, mutační modely mikrosatelitů, vliv
jednotlivých lokusů versus celogenomový efekt heterozygotnost: článek1 článek2 článek3 článek3 pěkně vysvětluje řadu užitečných pojmů. ... a ještě optimistický článek. |
| 6. Populace I |
Změny
frekvencí alel, vliv driftu, mutací a migrace, Wahlundův princip, FST,
GST, RST, D, G'ST,
G''ST, AMOVA, Isolation by distance obecnější článek o FST, pěkné review o FST a alternativách |
| 7. Populace II |
Model-based clustering, landscape genetics, ABC hezký příklad analýzy populační struktury (včetně DIY ABC), příklad analýzy populační struktury na velkých datech u lidí |
| 8. Fylogeografie I |
koalescence,
fylogeografie, genealogické
konkordance, vytoužené a skutečné vlastnosti oblíbeného
markeru - mtDNA, biparentální dědičnost,
rekombinace, konstantní mutační rychlost článek o surfingu, příklad na surfing (korálovci), review o vlastnostech mtDNA, již jednou zmíněný článek o vlastnostech mtDNA, články o mutační rychlosti mtDNA u ptáků a savců |
| 9. Fylogeografie II |
mismatch
distribution,detekce demografických událostí, skyline plot, koalescenční
teorie a její využití pro odhad populačních parametrů, vlastnosti
refugií, ukazatele diversity, NCA versus testování hypotéz, koalescence
a migrace, model isolation with migration článek o programech založených na koalescenční teorii, příklad na isolation with migration (štěnice), článek o skyline plotech, článek o použití PSCM metody na odhad Ne v minulosti u lejsků, review o rekonstrukci demografických událostí z genomických dat |
| 10. Hybridizace |
introgresivní hybridizace, asymetrická
hybridizace, hybridní roje, cytonukleární nerovnováha, hybridní zóny,
Bounded hybrid superiority model, tenzní zóny, analýza klinálních
hybridních zón článek s popisem konstrukce klasických klin, článek o HZAR na konstrukci geografické kliny, článek1, článek2 (introgress) článek3 (HIest) o genomických klinách, článek o konkordanci a využití programu Geneland v hybridní zóně, článek o analýze introgrese na velkých datech u medvědů využívající D-statistiku (ABBA and BABA sites), hybridní zóna vran, neandrtálci v našem genomu |
| 11. Selekce |
sledování kandidátních genů, evidence pozitivní
selekce, Ka/Ks a jiné testy, selekce a koalescence, MHC, reprodukční proteiny, -omics přístupy, detekce selekce na úrovni genomů,
příklady recentních selekčních událostí, sledování exprese pomocí Real Time PCR, microarrays a
next generation sequencing, proteomické přístupy článek o detekci selekce na úrovni celých genomů, proteomický článek, popularizační (ale parádní) článek o adaptivní fylogeografii |
Praktikum
verse 2021
Data2 (genetická banka, barcoding, BLAST, BOLD, genetické distance)
Barcoding_gap
(barcoding gap, histogramy, ABGD, FigTree,
bPTP)
video
Data3
(Lokusy ve vazbě, nulové alely,
Probability of Exclusion, GenePop, Cervus, určení matek a otců metodami Simple Exclusion
a ML)
video
Odhad R,
příbuzenského koeficientu dvojice jedinců (ML-Relate)
Rekonstrukce rodin
(Colony)
video
Explorace populačních dat
(Genetix)
Privátní
alely, Fst, AMOVA (GenAlEx)
video
Model based clustering
(Structure)
video
Rozdělení
sekvencí do haplotypů (FaBox)
Haplotypová síť
(PopART)
Diverzita,
Mismatch distribution,
Tajima's
D, AMOVA
(Arlequin)
video
Detekce
selekce a polymorfismu (DnaSP)
Hybridní zóny, IM
video
2020 Podrobnější verse pro distanční učení
Explorace populačních dat
(Genetix)
Privátní
alely, Fst, AMOVA (GenAlEx)
Model based clustering
(Structure)
Rozdělení
sekvencí do haplotypů (FaBox)
Haplotypová síť
(PopART)
Diverzita,
Mismatch distribution,
Tajima's
D, AMOVA
(Arlequin)
Detekce
selekce a polymorfismu (DnaSP)
Doplňující úlohy bez podrobnějších návodů
Pro klastrování v prostoru s využitím souřadnic jedinců je (byl) skvělý
Geneland. Program však není dále vyvíjen a nemusí být kompatibilní s
vaší versí R. Je tedy někdy bohužel problém to vůbec pustit.
Návod v pdf,
starší
stránka Genlandu, snad aktuální
stránka. Vzorové soubory jsou tu
genotypy
souřadnice
Pokud by se
vám to povedlo na vašich datech rozchodit, tak tento program rozhodně
doporučuji. Fungoval bezkonkurenčně skvěle. Možná pomůže tato
stránka.
Alternativou by mohl být
TESS
Funkční by mohl být i
BAPS
BAPS bylo trochu obtížné nainstalovat a používá nezvyklou metodu
klastrování, co kromě autora asi nikdo nepochopil. Celkem to ale
fungovalo.
Výpočet heterozygotností a dalších statistik pro odhad inbreedingu je celkem triviální a nepříliš zábavná záležitost. Podrobně je tedy rozebírat nebudeme. Využít lze například:
|
praktikum verse 2019 Data4 (Colony, ML-Relate, NeEstimator, heterozygotnost) Data5 (Populační struktura, FST, Genalex, Genetix, Structure) Data6 (haplotypová síť, FaBox, TCS, Mismatch distribution, diversity a sekvence DNA, AMOVA, Isolation with migration a IMa)
Data7 (DIYABC, hybridní zóny:
Introgress, HIest, hzar,
shrnutí
postupů analýzy hybridních zón
|
|
Doplňující materiály:
AFLP (autoři L. Choleva a Z. Musilová) |